O segredo está no menu pop-up "Serviços recebidos selecionados" na parte superior da caixa de diálogo. Defina isso para "arquivos ou pastas".
Em seguida, seu serviço Automator passará pela lista de arquivos e pastas selecionados.
Agora você só precisa usá-los. Adicione uma ação "Executar Shell Script". O shell script pode passar a lista como argumentos ou via stdin. Dado que é improvável que você selecione arquivos suficientes para causar problemas em uma sequência de argumentos, selecione "as arguments" no pop-up "Pass input:".
Matthieu está certo - você deveria ter uma confirmação.
Tudo vai ficar assim: