Nos mailto:
links do Chrome e do Safari, abra o iTerm em vez do Mail .
Isso parecia ter começado a acontecer na mesma época em que adicionei um atalho em Configurações> Teclado> Atalhos> Atalhos de aplicativos a serem usados command+enter
para enviar no aplicativo Mail.
Mas não tenho idéia se isso tem algo a ver com esse problema ou onde mais começar a procurar.