O iPhoto possui seu próprio lixo e, quando você o esvazia, os arquivos são movidos para o lixo do sistema. Não consigo encontrar isso no novo aplicativo Fotos. Quando eu excluo arquivos, eles não aparecem na lixeira do sistema.
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Não há mais Lixeira - em vez disso, há Recentemente Excluído, o mesmo que no iPhone etc., que será contado 30 dias antes da exclusão final, a menos que seja eliminado manualmente ou recuperado com antecedência.
No OS X 10.10 Yosemite, você pode acessá-lo no menu Arquivo> Mostrar excluídos recentemente. No OS X 10.11 El Capitan, não há item de menu, mas ele pode ser acessado na guia "Álbuns", onde você encontrará a pasta excluída recentemente na forma familiar da lixeira de outrora.
Você sai, depois de terminar, clicando em qualquer outra categoria ou, se a Barra Lateral não estiver aberta, em qualquer Cabeçalho - Álbuns etc.