Por "Passport", suponho que você esteja se referindo a uma unidade externa da Western Digital, usada para realizar backups regulares. Suponho que, por "backups", você esteja usando o Time Machine.
Considerando que esse é um problema novo, é justo dizer que a unidade externa foi formatada corretamente para uso no Mac OSX (ou seja, Mac OS Extended (Journaled)). Para sua informação, se você quiser confirmar o Sistema de Arquivos, poderá usar o Utilitário de Disco para exibir Informações sobre a unidade.
A primeira regra da solução de problemas é obter um dispositivo de trabalho conhecido, que você pode substituir para testar e restringir onde está o problema. Portanto, nesse caso, obtenha acesso a outro disco rígido externo (talvez de um amigo) e verifique se ele pode ser acessado.
No entanto, você observa problemas físicos com o seu MacBook, como "ruído de rotação" e a falta de resposta (lenta). Infelizmente, esse é um sintoma clássico de que o disco rígido do MacBook está falhando. Novamente, para sua informação, se você deseja inspecionar os processos em seu sistema para identificar outros problemas, use o Monitor de Atividade.
Supondo que o disco rígido do MacBook precise ser substituído, a boa notícia é que o backup do Time Machine no Passport pode ser usado para restaurar o sistema após o reparo.