Sistema de janelas em El Capitan e XQuartz

Acabei de instalar o XQuartz no meu Macbook Pro Retina 13 "que executa o El Capitan, porque uma ferramenta de desenvolvimento que estou usando exigiu que eu o fizesse. Eu sei que o XQuartz é como o novo X11, suportado pela Apple uma comunidade de código aberto, mas estou confuso sobre qual é a relação entre XQuartz e El Capitan.

Aqui está o que estou falando. Se eu tivesse que instalar o XQuartz manualmente, então, claramente, El Capitan estava usando algum outro sistema de janelas. Mas o que? Tendo agora instalado o XQuartz, o que mudou? Eu rebaixei meu El Capitan de alguma forma? Eu não notei nada diferente ainda. É reversível?

A propósito, ainda não configurei a máquina do tempo e agora me arrependo.

XQuartz é um sistema de janelas sozinho, apenas instalá-lo não muda nada. Se você precisa executar o aplicativo que requer X11 / XQuartz, você precisa iniciar o aplicativo Xquartz (também conhecido como servidor X11) antes você inicia o aplicativo. O servidor X11 será executado "no topo" do OS X, portanto, o comportamento de outros aplicativos não é alterado.

Veja também O que é o XQuartz? para mais detalhes.