Também fiz a mesma pergunta para o Android, mas descobri que o Android Browser tem um bug que trava ao fazer o upload de arquivos grandes, então você precisa do aplicativo nativo: quais recursos extras tem o aplicativo do YouTube para Android sobre o aplicativo HTML?
Parece que o iOS 5 ainda fornece o aplicativo nativo do YouTube, mas parece que está obsoleto:
Eu uso o YouTube para o caso mais simples - assistir filmes que foram enviados para mim. Eu não faço muita postagem ou navegação.
Pelo que sei, o aplicativo do YouTube para iOS não sofreu muitas alterações desde o 1.0.
Eu acho que o maior "recurso" do aplicativo nativo é a capacidade de resposta aprimorada. Eu encontrei o webapp para ser mais lento fazendo coisas como tela cheia ou mudando a orientação da tela, e na velocidade de carregamento inicial. No entanto, eu não estava ciente da qualidade diminuída. Eu acho que deve, no entanto, carregar os vídeos de maior taxa de bits quando você estiver em Wifi.
Quanto ao upload, no iOS, geralmente é feito pelo aplicativo que está gravando / editando o vídeo.