É possível alterar o ID da Apple em um iPhone. Você pode fazer isso acessando Configurações> iTunes e App Store e faça logout com o seu ID Apple atual. Depois disso, você pode fazer login com o novo Apple ID.
Quando você baixa / compra um aplicativo na App Store, ele é conectado ao Apple ID usado para fazer o download / compra. Isso significa que, se você começar a usar um ID Apple diferente para baixar / adquirir novos aplicativos, não há problema em atualizá-los.
Como você mencionou, você tem, por exemplo, o WhatsApp instalado. Se houver uma atualização para o WhatsApp na App Store, você ainda poderá atualizá-la, mas precisará usar a senha do Apple ID do seu "antigo" ID Apple.
Em uma nota lateral, você pode fazer um backup do seu histórico do WhatsApp (textos e mídia) no iCloud. Depois disso, você pode excluir e reinstalar o WhatsApp e restaurar o backup.
Não sei se outros aplicativos importantes para você têm a mesma funcionalidade para criar um backup no iCloud.
Na verdade, tenho aplicativos no meu computador que foram comprados sob dois IDs da Apple diferentes, e o Mac simplesmente pede que eu digite o ID do usuário e a senha que estão associados a qualquer aplicativo quando ele é atualizado.
Obviamente, esse ID é "autorização para acessar uma conta específica nos servidores da Apple", não "autorização para executar este aplicativo no seu computador".
E os iPhones basicamente funcionam da mesma maneira.
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