Você pode usar o Quicktime 10.x para dividir o filme em vários clipes e, em seguida, aparar os clipes individuais. Ao terminar de editar os clipes individuais e salvar / exportar o filme, você obtém exatamente o que deseja: um único filme contínuo, sem as partes cortadas.
Dividir um filme em clipes
- No QuickTime Player, arraste o indicador de reprodução (o pequeno diamante) na linha do tempo para o local em que deseja dividir o filme.
Escolha Editar> Dividir clipe.
Seu filme se divide em dois clipes.
Para dividir um dos clipes em dois, selecione o clipe, arraste a reprodução (agora representada por uma linha vertical vermelha) para o local em que deseja dividir o clipe e escolha Editar> Dividir clipe.
Seu filme agora está dividido em três clipes.
Para continuar dividindo os clipes, repita a etapa três.
- Quando terminar de dividir os clipes, você poderá reorganizá-los ou clicar em Concluído.
https://support.apple.com/kb/PH5884
Não investiguei, mas pode haver uma API AppleScript análoga para trabalhar com clipes.