Encontrei os arquivos de tema neste diretório:
~/Library/Application Support/Sublime Text 2/Packages/Color Scheme - Default/(name_of_theme)
Você pode ver qual tema está usando acessando (a partir do Sublime Text 2)
Sublime Text 2 menu>Preferences>Colour Scheme
e veja qual está marcado.
Abra o arquivo do tema e encontre a chave que diz:
<key>selection</key>
não é uma das teclas de destaque.
Vá para um site que mostre códigos de cores hexadecimais (como este http://html-color-codes.com/ ) e encontre o código da cor desejada. Em seguida, insira seu novo código de cores na linha abaixo da chave de seleção no arquivo do tema, substituindo o antigo código de cores hexadecimal.
Salve o arquivo de tema modificado e ele deverá funcionar imediatamente.