Qual é uma boa maneira de adicionar uma PRIMARY KEY a uma tabela grande do InnoDB?

Eu tenho uma tabela com cerca de 30 milhões de linhas no MySQL 5.5 usando o mecanismo de armazenamento InnoDB. Esta tabela possui uma chave estrangeira que se vincula a outra tabela com cerca de 3 milhões de linhas. Quero adicionar uma chave primária à tabela maior, mas não tenho certeza da melhor...