No meu emacs (24.5.1), tenho os dois e não tenho certeza de qual é o quê. O ggtags foi instalado através list-packagesdo melpa.
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O IIRC é gtags-modeenviado como parte do GNU Global e fornece um conjunto básico de comandos e ligações de teclas para o uso do Global. ggtagsfaz praticamente a mesma coisa, mas é um pacote muito mais abrangente com muito mais recursos. Inicialmente, achei algumas das combinações de teclas do ggtags um pouco confusas (especialmente depois de fazer uma operação de busca), mas a longo prazo, provavelmente será uma solução melhor que a simples gtags-mode.