Como encontrar o valor médio de varredura de uma área definida por um shapefile usando R?
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Eu tenho um conjunto de imagens rasterizadas que representam um mês específico ao longo dos anos e quero fazer uma linha do tempo dos valores médios de uma área usando um shapefile.
Como extraio os valores das rasters e os importo em R de maneira que eu possa usá-los?
Aqui está o código de exemplo. É bastante simples adaptar esse código para trabalhar em loop para processar todos os seus rasters. Se seus rasters compartilham uma extensão e resolução comuns, você pode criar uma pilha de varredura e percorrer as faixas da pilha. Para criar um vetor contendo todas as rasters em um diretório, em um formato específico, você pode usar "list.files" e depois passar esse vetor para a pilha.
Exemplo:
rlist=list.files(getwd(), pattern="img$", full.names=TRUE)
r <- stack(rlist)# Add required libraries
require(raster)
require(sp)
require(rgdal)# Set working directory, raster, in and out shapefiles
setwd("C:/test")
inshp="MyPolys"
outshp="PolyMeans"
rdata <-"Year2012.img"# Read polygon feature class shapefile
sdata <- readOGR(dsn=getwd(), layer=inshp)# Read raster
r <- raster(rdata)# Extract raster values to list object
r.vals <- extract(r, sdata)# Use list apply to calculate mean for each polygon
r.mean <- lapply(r.vals, FUN=mean)# Join mean values to polygon data
sdata@data <- data.frame(sdata@data, m2012=r.mean)# Write results
writeOGR(sdata, getwd(), outshp, driver="ESRI Shapefile", check_exists=TRUE,
overwrite_layer=TRUE)
+1 - excelente solução, resposta bem definida e completa.
Simbamangu
Se eu tiver um arquivo multipolígono: como o data.frame(sdata@data, m2012=r.mean)polígono sabe qual atribuir qual valor?
Stophface
para obter r.mean adicionado correctamente aos sdata eu tinha que primeiro r.mean itens não listados: r.mean <- itens não listados (lapply (r.vals, FUN = média))
cmbarbu
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Leia o shapefile em um SpatialPolygonsDataFrame( readOGRfunção do pacote rgdal)
Leia a varredura em um Rasterobjeto ( rasterfunção do pacote raster)
Use extract(raster, spdf)para obter as células da grade em cada polígono. Então corra meanneles.
Repita o processo em conjunto de imagens rasterizadas ...
data.frame(sdata@data, m2012=r.mean)
polígono sabe qual atribuir qual valor?Leia o shapefile em um
SpatialPolygonsDataFrame
(readOGR
função do pacotergdal
)Leia a varredura em um
Raster
objeto (raster
função do pacoteraster
)Use
extract(raster, spdf)
para obter as células da grade em cada polígono. Então corramean
neles.Repita o processo em conjunto de imagens rasterizadas ...
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