A maioria das pessoas recomendaria armazenar seus dados em um banco de dados por razões de desempenho, ou seja, rápido para consultar e pesquisar. No entanto, acredito que também haja o benefício da moeda quando os dados estiverem em um banco de dados. Por exemplo, se você passar um shapefile para um colega, é provável que ele seja usado indefinidamente, mas os dados podem ter sido atualizados. Onde, como se os dados estivessem armazenados em um banco de dados e o usuário conectado a esse banco de dados usando o ArcGIS, eles sempre veriam os dados mais atuais e atualizados.
Portanto, os principais profissionais de um banco de dados são a Indexação de consulta de desempenho (embora você possa indexar em um FileGDB e MDB ou até mesmo ter um índice de shapefile, no entanto, eu descobri que você pode fornecer mais RAM ao banco de dados durante a indexação, por isso coloquei isso como Pro para o banco de dados) Funções espaciais são executadas mais rapidamente em um banco de dados Se você possui texto ou endereços, pode fazer a Pesquisa de texto completo
Contras Conhecimento - afeta servidores proprietários ou de código aberto em produções. Custos - configuração e execução
Prós FileGDB / MDB Profissionais Plug and Play portátil (quase tão simples quanto shapefiles) Podem ser compactados para reduzir o tamanho
Contras Pode levar muito tempo para criar (minha experiência pessoal) muitos dados Restritos por ESRI (ish) Usuários simultâneos Limites de arquivos
O MDB é um geodatabase baseado em acesso à Microsoft, que acaba tendo um limite de arquivo de 2 GB, portanto, se você tiver mais dados ou quiser fornecer mais acesso a outros usos, use um FileGDB.
Mais diferenças podem ser vistas aqui http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.2/index.cfm?TopicName=Types_of_geodatabases
Espero que lhe dê uma idéia