Esta é uma questão conceitual.
Quais são as diferenças entre estes? e quais são os prós e os contras desses formatos?
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De acordo com Mike Bostock (e outros colaboradores da extensão TopoJSON):
TopoJSON é uma extensão do GeoJSON que codifica topologia. Em vez de representar discretamente as geometrias, as geometrias nos arquivos TopoJSON são costuradas a partir de segmentos de linhas compartilhados chamados arcos. O TopoJSON elimina a redundância, oferecendo representações muito mais compactas da geometria do que com o GeoJSON; arquivos TopoJSON típicos são 80% menores que seus equivalentes GeoJSON. Além disso, o TopoJSON facilita aplicativos que usam topologia, como simplificação de forma que preserva a topologia, coloração automática de mapa e cartogramas.
Uma possível desvantagem do TopoJSON é que você precisa implementar o suporte para converter o TopoJSON novamente no GeoJSON, para bibliotecas que funcionam apenas com o GeoJSON.