Supondo que suas áreas de interesse sejam bastante pequenas em comparação com o mundo, você pode configurar uma projeção transversal mercator personalizada.
Você precisa conhecer as coordenadas geográficas lat_0 e lon_0 da origem do seu CRS e a direção dos eixos x e y:
+proj=tmerc +lat_0=51.4 +lon_0=7 +k=1 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs
Para uso com o Arcgis, o arquivo .prj deve conter:
PROJCS["Transverse_Mercator",GEOGCS["GCS_WGS_1984",DATUM["D_unknown",SPHEROID["WGS84",6378137,298.257223563]],PRIMEM["Greenwich",0],UNIT["Degree",0.017453292519943295]],PROJECTION["Transverse_Mercator"],PARAMETER["latitude_of_origin",51.4],PARAMETER["central_meridian",7],PARAMETER["scale_factor",1],PARAMETER["false_easting",0],PARAMETER["false_northing",0],UNIT["Meter",1]]
Se eles não estiverem em paralelo com as direções norte e leste, uma rotação seria necessária usando uma projeção oblíqua de mercator:
+proj=omerc +lat_0=51.4 +lonc=7 +alpha=-10 +k=1 +x_0=0 +y_0=0 +gamma=0 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs
O arquivo .prj para esta projeção é:
PROJCS["Hotine_Oblique_Mercator_Azimuth_Center",GEOGCS["GCS_WGS_1984",DATUM["D_unknown",SPHEROID["WGS84",6378137,298.257223563]],PRIMEM["Greenwich",0],UNIT["Degree",0.017453292519943295]],PROJECTION["Hotine_Oblique_Mercator_Azimuth_Center"],PARAMETER["latitude_of_center",51.4],PARAMETER["longitude_of_center",7],PARAMETER["azimuth",-10],PARAMETER["scale_factor",1],PARAMETER["false_easting",0],PARAMETER["false_northing",0],UNIT["Meter",1]]
Aqui estão os dois juntos (tmerc em azul e omerc em vermelho):
Lat_0 e lon_0 (ou lonc) são as coordenadas da sua origem local do CRS. Você precisa explorá-las com um GPS ou com outros mapas. O ângulo que você deve calcular a partir das coordenadas de dois pontos conhecidos no seu eixo X local.
A única coisa que não funciona como o esperado é o milímetro em unidades. Deve funcionar, mas não no QGIS atual :-(
http://hub.qgis.org/issues/9414
Atualizar
As versões atuais do QGIS agora podem trabalhar com projeções locais usando mm como unidades.