Criando esta pergunta e fornecendo a resposta também.
Em novos documentos criados com o modelo padrão, a unidade padrão é (EUA) ou mm (Europa).
Como trabalho principalmente em documentos exibidos em telas, estou interessado em medi-los em pixels (a exportação para o formato png também é facilitada).
Como alterar a unidade do documento padrão?
~/.config/inkscape/templates/default.svg
.C:\Program Files\Inkscape\share