É uma reclamação antiga: até o CS6 , inclusive , o InDesign suporta notas de rodapé, mas não notas de fim. Documentos, livros, relatórios etc. não vão parar de precisar de notas finais, porque a Adobe não as suporta. Mesmo no blog oficial da Adobe, isso é descrito como uma "história triste"...
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Notas de fim no InDesign: o que há de mais próximo de um fluxo de trabalho flexível e sem dor?