O Magento vem com um Onepage Checkout, então você precisa passar por todo o processo, mesmo que você (como cliente) já tenha passado por partes dele.
Mas eu acho que é possível mudar isso:
Obviamente, você pode adicionar artigos ao carrinho do cliente, para que o cliente precise executar o processo de checkout.
Você pode implementar uma extensão para preparar a cotação adicionando um endereço de cobrança e inserindo informações de remessa (você pode pular isso, se os itens da cotação forem virtuais). Portanto, se você usar uma compra personalizada, poderá pular essas etapas e continuar diretamente com a seleção da forma de pagamento.
Se isso corresponder aos seus requisitos, sua extensão precisará definir um endereço de cobrança para a cotação atual:
$quote->getBillingAddress()->addData($addressData);
Defina um endereço de entrega e um método de entrega:
$quote->getShippingAddress()
->setCollectShippingRates(true)
->collectShippingRates()
->setShippingMethod('flatrate_flatrate')
Você também pode definir uma forma de pagamento, por exemplo
$quote->getPayment()->importData(array('method' => 'checkmo'));
Tendo uma cotação preparada, você precisa manipular o Javascript do checkout para usar, por exemplo, a etapa de revisão como a inicial.