Como posso criar uma matriz de correlação em R?

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Tenho 92 conjuntos de dados do mesmo tipo.

Quero fazer uma matriz de correlação para quaisquer duas combinações possíveis.

ou seja, eu quero uma matriz de 92 x92.

tal que o elemento (ci, cj) deve ser a correlação entre ci e cj.

Como faço isso?

r matrix visualization correlation Swapnil 'Tux' Takle
fonte
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Veja a corfunção, ou a rcorrfunção no Hmiscpacote
Manuel Ramón
Consigo encontrar o cor entre dois parâmetros. O problema é como organizá-los em matriz?
Swapnil 'Tux' Takle
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Como na Terra isso conseguiu tantos votos positivos?
Processo de Fundo Monica

Respostas:

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Um exemplo,

 d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)
Manuel Ramón
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Você pode usar o pacote 'corrplot'. 

d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix

insira a descrição da imagem aqui

Mais informações aqui: http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

Jot eN
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É possível obter um gráfico semelhante a estes cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/… , ou uma matriz simples, mas com o R-quadrado em vez de Pearson, Kendall ou correlação de spearman?
FraNut
R2 é igual ao quadrado do coeficiente de correlação de Pearson. Portanto, tudo que você precisa é multiplicar M por M (multiplicar a matriz de correlação por si mesma), antes de criar o gráfico.
Jot eN
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A função cor usará as colunas da matriz no cálculo da correlação. Portanto, o número de linhas deve ser o mesmo entre sua matriz xe matriz y . Ex.:

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))

insira a descrição da imagem aqui

Editar:

Aqui está um exemplo de rótulos de linha e coluna personalizados em uma matriz de correlação calculada com uma única matriz:

png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()

insira a descrição da imagem aqui

Marc na caixa
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O exemplo de @Manuel Ramón é provavelmente o melhor para o seu caso (uma única matriz) - organize seus conjuntos de dados como colunas.
Marc na caixa
na imagem acima, como se pode 'inverter' as cores, a correlação é vermelha próxima a -1 ou 1 e branca quando próxima a 0?
tagoma
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column")
Marc na caixa
@Marcinthebox como você adicionaria rótulos de variáveis ​​aos eixos xey (em vez de números)? Obrigado
Agustín Indaco
@ AgustínIndaco - Eu atualizei minha resposta com mais um exemplo. A imagefunção não pega automaticamente os nomes das linhas e colunas, então eles devem ser adicionados.
Marc na caixa de
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Dê uma olhada em qtlcharts . Ele permite que você crie matrizes de correlação interativas :

library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)

insira a descrição da imagem aqui

É mais impressionante quando você correlaciona mais variáveis, como na vinheta do pacote: insira a descrição da imagem aqui

epo3
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Existem outras maneiras de conseguir isso aqui: ( Plotar a matriz de correlação em um gráfico ), mas eu gosto da sua versão com as correlações nas caixas. Existe uma maneira de adicionar os nomes das variáveis ​​às colunas xey em vez de apenas esses números de índice? Para mim, isso seria uma solução perfeita. Obrigado!

editar: Eu estava tentando comentar a postagem de [Marc na caixa], mas claramente não sei o que estou fazendo. No entanto, consegui responder a essa pergunta por mim mesmo.

se d for a matriz (ou o quadro de dados original) e os nomes das colunas forem o que você deseja, o seguinte funciona:

axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)

las = 0 viraria os nomes de volta à sua posição normal, os meus eram longos, então usei las = 2 para torná-los perpendiculares ao eixo.

edit2: para suprimir os números de impressão da função image () na grade (caso contrário, eles se sobrepõem aos rótulos das variáveis), adicione xaxt = 'n', por exemplo:

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')
TSeymour
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