Como posso exibir uma imagem de um arquivo no Jupyter Notebook?

Gostaria de usar um notebook IPython como uma maneira de analisar interativamente alguns gráficos de genoma que estou criando com o GenomeDiagrammódulo Biopython . Embora exista documentação extensa sobre como usarmatplotlib para obter gráficos alinhados no notebook IPython, o GenomeDiagram usa o kit de ferramentas ReportLab, que não creio ser suportado para gráficos embutidos no IPython.

Eu estava pensando, no entanto, que uma maneira de contornar isso seria escrever o diagrama de plotagem / genoma em um arquivo e abrir a imagem em linha que teria o mesmo resultado com algo como isto:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

No entanto, não consigo descobrir como fazer isso - ou sei se é possível. Alguém sabe se as imagens podem ser abertas / exibidas no IPython?

Como cortesia desta postagem , você pode fazer o seguinte:

from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 

( documentos oficiais )

Se você estiver tentando exibir uma imagem dessa maneira dentro de um loop, precisará envolver o construtor Image em um método de exibição.

from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))

Observe que, até agora, as soluções postadas funcionam apenas para png e jpg!

Se você deseja ainda mais fácil sem importar mais bibliotecas ou deseja exibir um arquivo GIF animado ou não animado em seu Ipython Notebook. Transforme a linha em que deseja exibi-la no markdown e use este belo e curto hack!

![alt text](test.gif "Title")

Isso importará e exibirá uma .jpgimagem no Jupyter (testado com Python 2.7 no ambiente Anaconda)

from IPython.display import display
from PIL import Image


path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))

Pode ser necessário instalar o PIL

no Anaconda, isso é feito digitando

conda install pillow

Como cortesia desta página, achei que funcionava quando as sugestões acima não funcionavam:

import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
    a = np.uint8(a)
    f = StringIO()
    PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
    IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))

Você pode usar no código html na seção de remarcação: exemplo:

 <img src="https://www.tensorflow.org/images/colab_logo_32px.png" />

Uma versão mais limpa do Python3 que usa numpy padrão, matplotlib e PIL. Mesclando a resposta para a abertura do URL.

import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np

pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()

Se você deseja exibir com eficiência um grande número de imagens, recomendo usar o pacote IPyPlot

import ipyplot

ipyplot.plot_images(images_array, max_images=20, img_width=150)

Existem outras funções úteis nesse pacote nas quais é possível exibir imagens em guias interativas (guia separada para cada etiqueta / classe), o que é muito útil para todas as tarefas de classificação de ML.

Ao usar GenomeDiagramcom o Jupyter (iPython), a maneira mais fácil de exibir imagens é convertendo o GenomeDiagram em uma imagem PNG. Isso pode ser quebrado usando um objeto IPython.display.Image para exibi-lo no notebook.

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
                fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))

[Veja o caderno]