Criação programática de tabelas Markdown em R com KnitR

Estou começando a aprender sobre o KnitR e o uso do Markdown na geração de documentos e relatórios R. Isso parece ser perfeito para muitas das reportagens do dia a dia que tenho a ver com meu trabalho. No entanto, uma coisa que não estou vendo é uma maneira fácil de imprimir quadros de dados e tabelas usando a formatação Markdown (mais ou menos como xtable, mas com Markdown em vez de LaTeX ou HTML). Eu sei que posso simplesmente incorporar a saída HTML de xtable, mas gostaria de saber se há alguma solução baseada em Markdown?

Agora knitr(desde a versão 1.3) o pacote inclui a kablefunção para tabelas de criação:

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

ATUALIZADO : se você obtiver marcação bruta em um documento, tente a results = "asis"opção de configuração do bloco.

Dois pacotes que farão isso são pander

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

Ou ascii

pander é uma abordagem ligeiramente diferente para a construção de relatórios (mas pode ser útil para esse recurso).

asciipermitirá que você printcom type = 'pandoc(ou vários outros sabores de marcação)

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

Observe que, em ambos os casos, ele é direcionado ao uso pandocpara converter do markdown para o tipo de documento desejado; no entanto, o uso style='rmarkdown'criará tabelas que são compatíveis com este markdownpacote e a conversão embutida em rstudio.

Só queria atualizar isso com o que decidi fazer. Estou usando o hwriterpacote agora para imprimir tabelas e usando os recursos row.*e col.*para colocar classes CSS em diferentes elementos. Então, escrevi CSS customizado para fazer minha exibição como eu queria. Então, aqui está um exemplo caso alguém esteja lidando com algo semelhante.

Primeiro, crie um arquivo que fará knittinge transformará o Markdown em HTML:

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

Em seguida, crie o arquivo Markdown real:

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

Finalmente, basta criar um arquivo CSS personalizado.

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

Executando ./file_knit.r me dá file.html, que se parece com isto:

Portanto, espero que isso possa ser útil para outras pessoas que desejam um pouco mais de formatação na saída do Markdown!

Existem funções no panderpacote:

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

Não é muito difícil fazer sua própria função personalizada. Aqui está uma prova de conceito muito simples para gerar uma tabela rmarkdown de data.frame:

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

No documento .Rmd, você usaria a função com results = 'asis':

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

O código acima forneceria a seguinte figura (no exemplo, esta é a saída em pdf, mas como a tabela está em markdwon, você também poderia tricotar em html ou word).

A partir daqui - e lendo o código de outras pessoas - você pode descobrir como manipular o texto para gerar a tabela desejada e criar funções mais personalizadas.

use uma combinação de knitr :: kable e xtable em seu documento markdown.

library("knitr","xtable")

para um data.frame simples -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" permite mais opções como legenda.

Agora, a combinação para o resumo do modelo .

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

para ainda mais opções, olhe para stargazerpacote em vez de xtable.

exemplo para uso pessoal

Para escrever / criar tabelas Markdown em R, você também pode usar MarkdownReports MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() ou MarkDown_Table_writer_NamedVector()funções. Você simplesmente passa um quadro / matriz de dados com nomes de dimensão, ou um vetor com nomes, e ele analisa e escreve a tabela no formato Markdown.

Minha função para Gitlab:

to_markdown<-function(df) {
    wrap<-function(x,sep=" ") paste0("|", sep, paste(x, collapse=paste0(sep,"|",sep)), sep, "|", sep=sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)),sep=""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse="\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[,1:3])))

| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |