Existe uma função de biblioteca para Root Mean Square Error (RMSE) em python?

Eu sei que eu poderia implementar uma função de erro quadrático médio raiz como esta:

def rmse(predictions, targets):
    return np.sqrt(((predictions - targets) ** 2).mean())

O que estou procurando se essa função rmse for implementada em uma biblioteca em algum lugar, talvez em scipy ou scikit-learn?

sklearn.metricstem uma mean_squared_errorfunção O RMSE é apenas a raiz quadrada do que quer que ele retorne.

from sklearn.metrics import mean_squared_error
from math import sqrt

rms = sqrt(mean_squared_error(y_actual, y_predicted))

O que é o RMSE? Também conhecido como MSE, RMD ou RMS. Qual problema isso resolve?

Se você entende RMSE: (erro quadrático médio da raiz), MSE: (erro quadrático médio) RMD (desvio quadrático médio da raiz) e RMS: (quadrado quadrático médio da raiz), pedir uma biblioteca para calcular isso para você é um excesso de engenharia desnecessário . Todas essas métricas são uma única linha de código python com no máximo duas polegadas de comprimento. As três métricas rmse, mse, rmd e rms são conceitualmente idênticas.

RMSE responde à pergunta: "Como semelhante, em média, são os números em list1que list2?". As duas listas devem ter o mesmo tamanho. Quero "eliminar o ruído entre dois elementos, reduzir o tamanho dos dados coletados e obter um número único de alterações ao longo do tempo".

Intuição e ELI5 para RMSE:

Imagine que você está aprendendo a jogar dardos em um dardo. Todos os dias você pratica por uma hora. Você quer descobrir se está melhorando ou piorando. Então, todos os dias, você faz 10 jogadas e mede a distância entre o alvo e o local onde o seu dardo bate.

Você faz uma lista desses números list1. Use o erro médio quadrático da raiz entre as distâncias no dia 1 e a list2contendo todos os zeros. Faça o mesmo no segundo e no nono dias. O que você obterá é um número único que, esperançosamente, diminui com o tempo. Quando seu número RMSE é zero, você sempre bate em bullseyes. Se o número rmse aumentar, você está piorando.

Exemplo no cálculo do erro quadrático médio raiz no python:

import numpy as np
d = [0.000, 0.166, 0.333]   #ideal target distances, these can be all zeros.
p = [0.000, 0.254, 0.998]   #your performance goes here

print("d is: " + str(["%.8f" % elem for elem in d]))
print("p is: " + str(["%.8f" % elem for elem in p]))

def rmse(predictions, targets):
    return np.sqrt(((predictions - targets) ** 2).mean())

rmse_val = rmse(np.array(d), np.array(p))
print("rms error is: " + str(rmse_val))

Que imprime:

d is: ['0.00000000', '0.16600000', '0.33300000']
p is: ['0.00000000', '0.25400000', '0.99800000']
rms error between lists d and p is: 0.387284994115

A notação matemática:

Legenda do glifo: n é um número inteiro positivo inteiro que representa o número de jogadas. irepresenta um contador inteiro positivo inteiro que enumera soma. drepresenta as distâncias ideais, list2contendo todos os zeros no exemplo acima. psignifica desempenho, list1no exemplo acima. sobrescrito 2 significa numérico ao quadrado. d _i é o i-ésimo índice de d. p _i é o i-ésimo índice de p.

O rmse é feito em pequenas etapas para que possa ser entendido:

def rmse(predictions, targets):

    differences = predictions - targets                       #the DIFFERENCEs.

    differences_squared = differences ** 2                    #the SQUAREs of ^

    mean_of_differences_squared = differences_squared.mean()  #the MEAN of ^

    rmse_val = np.sqrt(mean_of_differences_squared)           #ROOT of ^

    return rmse_val                                           #get the ^

Como todas as etapas do RMSE funcionam:

Subtrair um número de outro fornece a distância entre eles.

8 - 5 = 3         #absolute distance between 8 and 5 is +3
-20 - 10 = -30    #absolute distance between -20 and 10 is +30

Se você multiplicar qualquer número vezes, o resultado será sempre positivo porque os negativos são negativos:

3*3     = 9   = positive
-30*-30 = 900 = positive

Adicione todos eles, mas espere, então uma matriz com muitos elementos teria um erro maior que uma matriz pequena; portanto, calcule a média pelo número de elementos.

Mas espere, nós combinamos todos eles antes para forçá-los positivos. Desfazer o dano com uma raiz quadrada!

Isso deixa você com um único número que representa, em média, a distância entre cada valor da lista1 e o valor correspondente do elemento da lista2.

Se o valor RMSE diminuir ao longo do tempo, ficaremos felizes porque a variação está diminuindo.

O RMSE não é a estratégia de ajuste de linha mais precisa, o total de mínimos quadrados é:

O erro quadrático médio da raiz mede a distância vertical entre o ponto e a linha. Portanto, se seus dados tiverem o formato de uma banana, plana perto da parte inferior e íngreme perto da parte superior, o RMSE reportará maiores distâncias para pontos altos, mas distâncias curtas para pontos baixos quando de fato as distâncias são equivalentes. Isso causa uma inclinação onde a linha prefere estar mais próxima dos pontos alto do que baixo.

Se este for um problema, o método dos mínimos quadrados total corrige isso: https://mubaris.com/posts/linear-regression

Pegadinhas que podem quebrar essa função RMSE:

Se houver nulos ou infinito em qualquer lista de entrada, o valor rmse de saída não fará sentido. Existem três estratégias para lidar com valores nulos / valores ausentes / infinitos nas duas listas: ignore esse componente, zere-o ou adicione uma melhor estimativa ou um ruído aleatório uniforme a todos os timesteps. Cada remédio tem seus prós e contras, dependendo do significado dos seus dados. Em geral, é preferível ignorar qualquer componente com um valor ausente, mas isso leva o RMSE a zero, fazendo com que você pense que o desempenho melhorou quando realmente não. Adicionar ruído aleatório com uma melhor estimativa pode ser preferido se houver muitos valores ausentes.

Para garantir a relativa correção da saída do RMSE, você deve eliminar todos os nulos / infinitos da entrada.

O RMSE tem tolerância zero para pontos de dados externos que não pertencem

Os quadrados dos erros quadráticos médios da raiz baseiam-se em todos os dados corretos e todos são contados como iguais. Isso significa que um ponto perdido no campo esquerdo vai arruinar totalmente todo o cálculo. Para lidar com pontos de dados discrepantes e descartar sua tremenda influência após um certo limite, consulte Estimadores robustos que criam um limite para a discrepância de discrepantes.

Provavelmente é mais rápido ?:

n = len(predictions)
rmse = np.linalg.norm(predictions - targets) / np.sqrt(n)

No scikit-learn 0.22.0, você pode passar mean_squared_error()o argumento squared=Falsepara retornar o RMSE.

from sklearn.metrics import mean_squared_error

mean_squared_error(y_actual, y_predicted, squared=False)

Caso alguém encontre esse segmento em 2019, existe uma biblioteca chamada ml_metricsque está disponível sem pré-instalação nos kernels do Kaggle, bastante leve e acessível através pypi(pode ser instalada com facilidade e rapidez pip install ml_metrics):

from ml_metrics import rmse
rmse(actual=[0, 1, 2], predicted=[1, 10, 5])
# 5.507570547286102

Tem poucas outras métricas interessantes que não estão disponíveis no sklearn, como mapk.

Referências:

• https://pypi.org/project/ml_metrics/
• https://github.com/benhamner/Metrics/tree/master/Python

Na verdade, eu escrevi várias delas como funções utilitárias para o statsmodels

http://statsmodels.sourceforge.net/devel/tools.html#measure-for-fit-performance-eval-measures

e http://statsmodels.sourceforge.net/devel/generated/statsmodels.tools.eval_measures.rmse.html#statsmodels.tools.eval_measures.rmse

Principalmente, um ou dois liners, sem pouca verificação de entrada, e principalmente destinado a obter facilmente algumas estatísticas ao comparar matrizes. Mas eles têm testes de unidade para os argumentos do eixo, porque é aí que às vezes eu cometo erros desleixados.

Ou simplesmente usando apenas as funções NumPy:

def rmse(y, y_pred):
    return np.sqrt(np.mean(np.square(y - y_pred)))

Onde:

• y é meu alvo
• y_pred é a minha previsão

Observe que, rmse(y, y_pred)==rmse(y_pred, y)devido à função quadrada.

Você não pode encontrar a função RMSE diretamente no SKLearn. Mas, em vez de executar manualmente o sqrt, existe outra maneira padrão de usar o sklearn. Aparentemente, o próprio mean_squared_error do Sklearn contém um parâmetro chamado "quadrado" com o valor padrão como true. Se o definirmos como false, a mesma função retornará RMSE em vez de MSE.

# code changes implemented by Esha Prakash
from sklearn.metrics import mean_squared_error
rmse = mean_squared_error(y_true, y_pred , squared=False)

Aqui está um código de exemplo que calcula o RMSE entre dois formatos de arquivo de polígono PLY. Ele usa a ml_metricslib e a np.linalg.norm:

import sys
import SimpleITK as sitk
from pyntcloud import PyntCloud as pc
import numpy as np
from ml_metrics import rmse

if len(sys.argv) < 3 or sys.argv[1] == "-h" or sys.argv[1] == "--help":
    print("Usage: compute-rmse.py <input1.ply> <input2.ply>")
    sys.exit(1)

def verify_rmse(a, b):
    n = len(a)
    return np.linalg.norm(np.array(b) - np.array(a)) / np.sqrt(n)

def compare(a, b):
    m = pc.from_file(a).points
    n = pc.from_file(b).points
    m = [ tuple(m.x), tuple(m.y), tuple(m.z) ]; m = m[0]
    n = [ tuple(n.x), tuple(n.y), tuple(n.z) ]; n = n[0]
    v1, v2 = verify_rmse(m, n), rmse(m,n)
    print(v1, v2)

compare(sys.argv[1], sys.argv[2])

1. Não, existe uma biblioteca Scikit Learn para aprendizado de máquina e pode ser facilmente empregada usando a linguagem Python. Ele tem a função a para o erro médio quadrático, que estou compartilhando no link abaixo:

https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.mean_squared_error.html

2. A função é denominada mean_squared_error, conforme indicado abaixo, onde y_true seria valores reais de classe para as tuplas de dados e y_pred seriam os valores previstos, previstos pelo algoritmo de aprendizado de máquina que você está usando:

mean_squared_error (y_true, y_pred)

3. Você deve modificá-lo para obter o RMSE (usando a função sqrt usando Python). Este processo é descrito neste link: https://www.codeastar.com/regression-model-rmsd/

Portanto, o código final seria algo como:

de sklearn.metrics import mean_squared_error de math import sqrt

RMSD = sqrt (mean_squared_error (testing_y, prediction))

impressão (RMSD)