Gerando um PNG com matplotlib quando DISPLAY está indefinido

Estou tentando usar o networkx com Python. Quando executo este programa, esse erro ocorre. Falta alguma coisa?

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")


Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 13, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Agora, recebo um erro diferente:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Agora, recebo um erro diferente:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

O principal problema é que (no seu sistema) o matplotlib escolhe um back-end usando x por padrão. Eu apenas tive o mesmo problema em um dos meus servidores. A solução para mim foi adicionar o seguinte código em um local que seja lido antes de qualquer outra importação do pylab / matplotlib / pyplot :

import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')

A alternativa é configurá-lo no seu .matplotlibrc

Apenas como complemento da resposta de Reinout.

A maneira permanente de resolver esse tipo de problema é editar o arquivo .matplotlibrc. Encontre-o via

>>> import matplotlib
>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# This is the file location in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'

Em seguida, modifique o back-end nesse arquivo para backend : Agg. É isso.

A resposta limpa é levar um pouco de tempo para preparar corretamente seu ambiente de execução.

A primeira técnica que você precisa para preparar seu ambiente de execução é usar um matplotlibrcarquivo, como sabiamente recomendado por Chris Q. , definindo

backend : Agg

nesse arquivo. Você pode controlar - sem alterações de código - como e onde o matplotlib procura e localiza o matplotlibrcarquivo .

A segunda técnica que você precisa para preparar seu ambiente de execução é usar a MPLBACKENDvariável de ambiente (e informar seus usuários a utilizá-la):

export MPLBACKEND="agg"
python <program_using_matplotlib.py>

Isso é útil porque você nem precisa fornecer outro arquivo no disco para fazer isso funcionar. Empreguei essa abordagem com, por exemplo, testes em integração contínua e execução em máquinas remotas que não possuem monitores.

Codificar seu back-end do matplotlib para "Agg" no código Python é como bater um pino quadrado em um buraco redondo com um grande martelo, quando, em vez disso, você poderia ter dito ao matplotlib que ele precisava ser um buraco quadrado.

Eu recebi o erro ao usar o matplotlib através do Spark. matplotlib.use('Agg')não funciona para mim. No final, o código a seguir funciona para mim. Mais aqui

import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')

Vou repetir o que o @Ivo Bosticky disse que pode ser esquecido. Coloque essas linhas no MUITO início do arquivo de py.

import matplotlib
matplotlib.use('Agg') 

Ou um iria receber erro

* / usr / lib / pymodules / python2.7 / matplotlib / __ init__.py:923: Aviso do usuário: Esta chamada para matplotlib.use () não tem efeito
porque o back-end já foi escolhido;
matplotlib.use () deve ser chamado * antes de * pylab, matplotlib.pyplot, *

Isso resolverá todos os problemas de exibição

Eu achei esse trecho para funcionar bem ao alternar entre ambientes X e não-X.

import os
import matplotlib as mpl
if os.environ.get('DISPLAY','') == '':
    print('no display found. Using non-interactive Agg backend')
    mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Ao entrar no servidor para executar o código, use isto:

ssh -X username@servername

a -X irá se livrar do erro de variável de ambiente sem nome de exibição e sem $ DISPLAY

:)

Em que sistema você está? Parece que você possui um sistema com o X11, mas a variável de ambiente DISPLAY não foi definida corretamente. Tente executar o seguinte comando e, em seguida, execute novamente o seu programa:

export DISPLAY=localhost:0

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Funciona para mim.

Outra coisa a verificar é se o usuário atual está autorizado a se conectar ao monitor X. No meu caso, o root não tinha permissão para fazer isso e o matplotlib estava reclamando com o mesmo erro.

user@debian:~$ xauth list         
debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xauth add debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xterm

fonte: http://www.debian-administration.org/articles/494 https://debian-administration.org/article/494/Getting_X11_forwarding_through_ssh_working_after_running_su

Para garantir que seu código seja portável no Windows, Linux e OSX e para sistemas com e sem telas, sugiro o seguinte trecho:

import matplotlib
import os
# must be before importing matplotlib.pyplot or pylab!
if os.name == 'posix' and "DISPLAY" not in os.environ:
    matplotlib.use('Agg')

# now import other things from matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

Crédito: https://stackoverflow.com/a/45756291/207661

Para o Google Cloud Machine Learning Engine:

import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

E, em seguida, para imprimir em arquivo:

#PDF build and save
    def multi_page(filename, figs=None, dpi=200):
        pp = PdfPages(filename)
        if figs is None:
            figs = [mpl.pyplot.figure(n) for n in mpl.pyplot.get_fignums()]
        for fig in figs:
            fig.savefig(pp, format='pdf', bbox_inches='tight', fig_size=(10, 8))
        pp.close()

e para criar o PDF:

multi_page(report_name)