Erro de carregamento do rJava no RStudio / R após "atualizar" para o OSX Yosemite

Recentemente, "atualizei" o OSX Mountain Lion para Yosemite e o R 3.1.3 para o 3.2. Imediatamente após a atualização, quando abri o R ou o RStudio, recebi uma mensagem pop-up informando que precisava instalar o Java 6. Além disso, o carregamento rJavaou qualquer pacote que depende do rJava (por exemplo, xlsx) causou uma falha no RStudio (o R também travou quando tentei isso abrindo R.appdiretamente).

Depois de tentar algumas correções encontradas no Stack Overflow e em outros lugares (mais detalhes abaixo), estou em um ponto em que o carregamento rJavaou qualquer pacote que depende rJavanão causa mais a falha do R, mas resulta no seguinte erro:

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

No entanto, se eu chamar R na linha de comando e carregar rJavaou qualquer pacote que dependa rJava, ele parece funcionar (ou pelo menos não recebo nenhuma mensagem de erro).

Eu tentei várias tentativas diferentes de correção, algumas delas algumas vezes, e não consigo me lembrar exatamente o que fiz em que ordem (não percebi que isso seria um pântano e não estava realmente acompanhando) , mas aqui está a essência:

• Adicionado o seguinte ao meu .bash_profile(por esta resposta do SO ):

  exportar JAVA_HOME = "/ usr / libexec / java_home -v 1.8"
  exportar LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server

• Java reconfigurado a partir da linha de comando da seguinte maneira:

  sudo R CMD javareconf -n

• Verificado options("java.home")e descoberto, isso foi definido como NULL. Tentei defini-lo da seguinte forma (por esta pergunta SO ):

  opções ("java.home" = "/ Biblioteca / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / Conteúdo / Home / jre")

• Instalei o Java Development Kit mais recente e reinstalei rJavada fonte (não lembro onde encontrei esse).

Em algum momento ao tentar tudo isso, eu consegui carregar rJavasem travar o R, mas recebi a mensagem de erro postada acima. Além disso, quando eu saía do RStudio, ele parecia fechar normalmente, mas uma mensagem "RStudio fecha inesperadamente" seria exibida, indicando que o programa travou ao tentar fechar.

Finalmente, decidi instalar o Java para OS X 2014-001 (Java 6), pois parecia estar ficando sem opções. Agora, quando abri o R ou o RStudio, a mensagem pop-up "Este software precisa do Java 6" não apareceu mais. No entanto, eu ainda estava recebendo a .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'mensagem de erro postada acima.

Ao revisar algumas das postagens que eu já havia examinado, notei outra resposta do SO que eu havia perdido antes, que recomendava abrir o RStudio com o seguinte código de linha de comando que fornece ao RStudio o caminho correto para java:

LD_LIBRARY_PATH = $ (/ usr / libexec / java_home) / jre / lib / servidor: aberto -a RStudio

Isso abriu uma janela do RStudio e eu também pude carregar rJavae pacotes que dependem dela sem obter nenhum erro.

Por fim, tentei executar o R ​​na linha de comando (o que não havia feito antes). Acontece que, na linha de comando, no carregamento rJavaou em qualquer pacote que dependa de rJavaobras e não gera erros.

Portanto, agora posso começar rJavaa trabalhar se abrir o RStudio na linha de comando com o código que fornece ao RStudio o caminho java (como observado acima). No entanto, eu gostaria de encontrar uma maneira de corrigir o problema subjacente, qualquer que seja, para que o RStudio possa ser aberto da maneira usual do Mac, sem a necessidade de um kludge na linha de comando. Também estou preocupado que a instalação de uma versão antiga do Java possa causar problemas no futuro.

Alguém tem alguma idéia sobre como diagnosticar e resolver esse problema?

Eu tive o mesmo problema e segui as mesmas etapas que você. A etapa final para permitir a inicialização do RStudio por meio do Finder / Spotlight foi vincular libjvm.dylib a / usr / local / lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f o sinalizador é adicionado para forçar a substituição do arquivo / link existente

No OSX El Capitan 10.11, o usuário não tem permissão para gravar em / usr / lib. Então, em vez disso, use o seguinte comando:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Você pode carregar o libjvm.dylib explicitamente, executando como

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

No macOS High Sierra (10.13.1) e no Java Versão 9, é necessário usar um caminho da JVM ligeiramente diferente (observe a jrepasta ausente no caminho em comparação com as instruções para versões anteriores do Java):

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Você também deve notificar R sobre a JVM:

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

O comando a seguir funciona:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Depois disso, no RStudio, o carregamento do rJava funciona através do carregamento do pacote "xlsx".

library("xlsx")

Ambiente PS # 1: Mac OS X El Capitan 10.11.3+ com RStudio 0.99.491+ e R 3.2.3+. (Agora também testei isso no macOS Sierra (10.12) e R.3.3.1.)

PS # 2 Acho que openxlsxé muito mais rápido e não depende do Java para funcionar, então agora estou usando esse pacote. Espero que ajude os outros.

Você deve poder usar o CRAN rJava, sem precisar recompilar o rJava ou executar outras etapas vinculando a biblioteca compartilhada ao diretório da biblioteca de estruturas R.

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Foi assim que eu o configurei funcionando corretamente em dois Macs executando o Mac OS X El Capitan (10.11.6):

1. Desinstale o 'rJava' emitindo os seguintes comandos em uma janela do terminal:

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. Faça o download e instale o software Java da Oracle: https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. Adicione as seguintes linhas ao /Users/<userid>/.bashrcuso do seu editor favorito:

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. Feche e reinicie qualquer janela do terminal, R e RStudio (para pegar as alterações em .bashrc).

5. Execute o seguinte comando em uma janela do Terminal:

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. Execute o seguinte comando em uma janela do Terminal:

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Aqui estão as etapas fáceis para isso:

1. remova o pacote rJava: remove.packages (rJava)
2. mais perto
3. instale o Java mais recente no seu mac
4. abra o terminal e digite este comando: sudo R CMD javareconf

5. Abra R e instale o rJava com este comando:

   install.packages ("rJava", dependências = TRUE, tipo = "source")

O problema da imagem não encontrada existe com uma instalação totalmente nova no OSX High Sierra com o Java SE 10 JDK mais recente.

Consegui resolver o problema do caminho com o rJava usando a correção encontrada na página de problemas do rJava Github: https://github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / Sistema / Biblioteca / Frameworks / JavaVM.framework / Headers

Aqui o que funcionou para mim no MAC:

1. no seu ~/.profileou ~/.bashrcadicione esta linha: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile(ou % source .bashrc)

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. No terminal, digite este comando: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. Carregue seu library("rJava", "RWeka")

Boa sorte.

Talvez outra resposta simples que não toque no seu sistema de arquivos:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(Substitua jdk1.8.0_131.jdkpelo seu caminho JDK.)

Verifique a localização do arquivo libjvm.dylib.

Tente isso, no meu caso, isso funcionou:

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Examinei toda a solução de problemas que pude encontrar e instalei o jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg em: Oracle downloads

Tudo funcionou perfeitamente depois disso.

Verifique a versão da biblioteca que não foi carregada ao executar a biblioteca ('rJava') e faça a correspondência com a versão java que você precisa instalar.

Notei que 'rJava' é bastante rigoroso quanto à versão do JDK durante o carregamento no Rstudio.
No meu caso (Mac OS. 10.14.6 - Mojave), instalei o jdk-13, que foi testado contra o jdk-11.
Vinculei minha versão do JDK a um diretório inexistente que foi considerado válido pelo Rstudio (JDK 11):

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

e surpreendentemente ele funciona como um encanto ...
BTW., não havia nenhum problema para executar 'rJava' seguindo as instruções anteriores no R. nativo

Aqui você pode fazer o download da versão Java herdada 6 para El Capitan: https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US Depois disso, o pacote rJava funciona para mim.

Esta linha abaixo resolveu o mesmo problema que eu estava tendo com o rJavapacote, como alguns outros nesta discussão. Tenho certeza de que há mais de uma solução para este problema e agradeço sinceramente a todos por suas contribuições, porque às vezes uma linha como a abaixo economiza muito tempo indo para o lixo!

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Execute o seguinte na linha de comandos: sudo R CMD javareconf

Várias soluções acima mencionaram isso, mas também sugerem que uma remova e reinstale o rJavapacote. Eu achei essas etapas adicionais desnecessárias.

Você pode alterar a referência em R usando o seguinte comando:

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so