Ao instalar o rJava usando o install.packages("rJava")comando, recebo o seguinte erro:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Tenho o Java JDK instalado e java -versionretorna o seguinte:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

Ao pesquisar o erro no Google, vejo que outras pessoas estão tendo o mesmo problema, mas não encontram uma solução diferente de "instalar o JDK inteiro, não apenas o JRE", o que eu fiz.

A outra coisa que li foi executar, sudo R CMD javareconfque funciona bem e sem erros.

Alguma ideia de qual é o meu problema?

[[EDIT]] Já se passaram alguns meses desde que tive esse problema. Inicialmente, resolvi isso editando meus caminhos Java, conforme ilustrado na resposta que postei abaixo. Recentemente, tive o mesmo problema em uma nova instalação do Ubuntu. Tentei a recomendação de Dirk para usar apt-get para instalar o pacote rJava. Funcionou perfeitamente. O que não percebi inicialmente é que instalar pacotes usando o método apt-get do Ubuntu é fundamentalmente diferente de apenas carregar o mesmo pacote usando install.packages () dentro de R. Os pacotes do Ubuntu resolvem alguns problemas que eu não percebi ou apreciei .

Não iria

apt-get install r-cran-rjava

tem sido mais fácil? Você poderia ter me perguntado em useR! :)

Acontece que meu problema era um problema com minha JAVA_HOMEvariável de ambiente. Sim, chocante eu sei. Minha configuração inicial para PATHe JAVA_HOMEparecia com esta:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

E eu adicionei /jreentão agora se parece com isto:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Tudo em Java parecia funcionar bem sem o, /jremas o rJava não. Ímpar.

Obrigado - sua sugestão sobre $JAVA_HOMEme leva a uma solução semelhante:

prompt$ unset JAVA_HOME

antes de invocar R.

Eu me deparei com o mesmo problema e funcionou depois de executar os comandos abaixo.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

Consulte os detalhes em http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

É assim que eu faço funcionar:

No Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

em R:

install.packages("rJava")

Isso funcionou para mim no Ubuntu 12.04 e R versão 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

este é o diretório que contém jni.h

Em seguida, crie um link simbólico para outro arquivo de cabeçalho necessário (estou com preguiça de descobrir como incluir mais de um diretório na opção JAVA_CPPFLAGS abaixo):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

Finalmente

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

abaixo está uma das minhas respostas em outro pós - erro: não foi possível carregar os pacotes instalados agora
(isso também é relevante para esta questão)

Para usuários do Linux (Ubuntu): Se você tiver oracle-java (7/8) instalado. Estará neste local /usr/lib/jvme o sudoacesso é necessário.

Crie o arquivo /etc/ld.so.conf.d/java.confcom as seguintes entradas:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Substitua java-8-oracle por java-7-oracle dependendo da sua versão java)

Então:

sudo ldconfig

Reinicie o RStudio e instale o pacote rJava.

Rodando R no Gentoo em um AMD64. Eu atualizei para R 2.12.0

R versão 2.12.0 (2010-10-15) Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Plataforma: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits) e aquelas mensagens incômodas foram longe.

Jan Vandermeer

Tentei instalar o openjdk-7- * mas ainda tive problemas ao instalar o rJava. Depois que reiniciei meu computador, não houve nenhum problema.

tão

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

O pacote rJava procura a /usr/lib/jvm/default-java/pasta. Mas não está disponível como padrão. Esta pasta possui um link simbólico para o java padrão configurado para o sistema.

Para ativar o java padrão, instale os seguintes pacotes:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

Testado no ubuntu 17.04 com CRAN R 3.4.1

O que funcionou para mim foi mudar JAVA_HOME do arquivo /usr/lib/R/etc/javaconf

Eu primeiro verificado que era a minha versão do Java habilitado: sudo update-alternatives --config java. No meu caso foijava-8-oracle

Abri o arquivo /usr/lib/R/etc/javaconfe substituí-o default-javapor java-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

substituído por :

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

E depois sudo R CMD javareconf

Reiniciei o RStudio e pude instalar o rJava.

o que eu faço é aqui:

1. em /etc/apt/sources.list, adicione:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

Nota: o rjava deve ser a versão mais recente

2 execute: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

Depois de atualizar a versão antiga do rjava, pode instalar o rhdfs_1.0.8.

Consegui fazer o download: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz e executando o comando R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

Eu estava enfrentando o mesmo problema ao usar o Windows 10. Eu resolvi o problema usando o seguinte procedimento

1. Baixe o Java em https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp para janelas de 64 bits \ Instale-o
2. Baixe o kit de desenvolvimento Java em https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html para janelas de 64 bits \ Instale-o
3. Em seguida, clique com o botão direito do mouse no ícone “Este PC” na área de trabalho \ Propriedades \ Configurações avançadas do sistema \ Avançado \ Variáveis ​​de ambiente \ Em Variáveis ​​do sistema, selecione Caminho \ Clique em Editar \ Clique em Novo \ Copiar e colar os caminhos “C: \ Arquivos de programas \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin ”e“ C: \ Arquivos de programas \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin ”(sem citação) \ OK \ OK \ OK

Nota : jdk1.8.0_201 e jre1.8.0_201 serão alterados dependendo da versão do kit de desenvolvimento Java e Java

4. Na janela Variáveis ​​de ambiente, vá para Variáveis ​​de usuário para Usuário \ Clique em Novo \ Coloque o nome da variável como “JAVA_HOME” e o valor da variável como “C: \ Arquivos de programas \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin” \ Pressione OK

Para verificar a instalação, abra CMD \ Digite javac \ Pressione Enter e digite java \ pressione Enter Será exibido

No RStudio execute

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

Nota : jdk1.8.0_201 será alterado dependendo da versão do kit de desenvolvimento Java

Agora você pode instalar e carregar o pacote rJava sem nenhum problema.

O problema era que o rJava não instala em RStudio( Version 1.0.136). O seguinte funcionou para mim ( macOS Sierra version 10.12.6) (encontrado aqui ):

Passo 1: Baixe e instale javaforosx.dmga partir daqui

Etapa 2: Em seguida, execute o comando de dentro do RStudio:

install.packages("rJava", type = 'source')

Encontrei um problema semelhante no Ubuntu 16.04 e fui capaz de resolvê-lo criando uma pasta chamada "default-java" /usr/lib/jvme copiando para dentro dela todo o conteúdo do /usr/lib/jvm/java-8-oracle. Optei por esta solução, pois corrigir a variável de ambiente JAVA_HOME acabou sendo inútil.