Crie um ambiente conda: "Conflitos encontrados!" ao resolver o ambiente e "Encontrar o caminho mais curto do conflito" em execução para sempre

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Foi-me fornecido um environment.ubuntu.ymlarquivo para poder criar um ambiente conda. No entanto, executando conda create env --file environment.ubuntu.yml, recebo a seguinte saída:

conda env create --file environment.ubuntu.yml
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: - 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
Examining fontconfig:   5%|▉                 | 10/202 [00:00<00:00, 5393.91it/ ]
Comparing specs that have this dependency:   0%|         | 0/12 [00:00<?, ?it/s]
Finding shortest confli|  path for fontconfig==2.13.1=he4413a7_1000:  12%|▏| 1/8
Finding shortest conflict path for fontconfig==2.13.1=he4413a7_1000:  25%|▎| 2/8
Finding shortest conflict pa/  for fontconfig[version='>=2.13.0,<3.0a0']:  25%|
Finding shortest conflict path for fontconfig[version='>=2.13.0,<3.0a0']:  38%|
Finding shortest conf- ct path for fontconfig[version='>=2.11.1']:  38%|▍| 3/8 [
Finding shortest conflict path for fontconfig[version='>=2.11.1']:  50%|▌| 4/8 [
Finding shortest conflict pa|  for fontconfig[version='>=2.12.4,<3.0a0']:  50%|
...

O Finding shortest conflict pathprolonga-se por um longo tempo - aparentemente ele está tentando resolver alguns problemas de dependência. Funcionando por 2 horas, não está claro se ele irá parar.

Minha pergunta é: o que está acontecendo aqui e posso, de alguma maneira, acelerar manualmente esse processo, por exemplo, removendo dependências desnecessárias? Como não criei o ambiente, não sei quais são realmente necessárias.

A razão pela qual estou curioso é porque está verificando caminhos de conflito como fontconfig[version='>=2.12.6,<3.0a0'] quando está o que dependenciesestá 2.13.1e eu o instalei através2.13.1

Encontre abaixo o arquivo .yml para referência.

name: cea
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - dlr-sc
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - conda-forge
  - conda-forge/label/gcc7
  - defaults
dependencies:
  - attrs=19.1.0=py_0
  - backports=1.0=py_2
  - backports.functools_lru_cache=1.5=py_1
  - backports_abc=0.5=py_1
  - boost-cpp=1.68.0=h11c811c_1000
  - bzip2=1.0.6=h14c3975_1002
  - ca-certificates=2019.3.9=hecc5488_0
  - cairo=1.14.12=h80bd089_1005
  - certifi=2019.3.9=py27_0
  - click=7.0=py_0
  - click-plugins=1.0.4=py_0
  - cligj=0.5.0=py_0
  - curl=7.64.1=hf8cf82a_0
  - cycler=0.10.0=py_1
  - descartes=1.1.0=py_2
  - enum34=1.1.6=py27_1001
  - expat=2.2.5=hf484d3e_1002
  - fiona=1.8.6=py27hf242f0b_2
  - fontconfig=2.13.1=he4413a7_1000
  - freetype=2.10.0=he983fc9_0
  - freexl=1.0.5=h14c3975_1002
  - functools32=3.2.3.2=py_3
  - futures=3.2.0=py27_1000
  - gdal=2.4.1=py27h5f563d9_8
  - geopandas=0.4.1=py_1
  - geos=3.7.1=hf484d3e_1000
  - geotiff=1.4.3=h1105359_1000
  - gettext=0.19.8.1=hc5be6a0_1002
  - giflib=5.1.7=h516909a_1
  - glib=2.56.2=had28632_1001
  - hdf4=4.2.13=h9a582f1_1002
  - hdf5=1.10.4=nompi_h3c11f04_1106
  - icu=58.2=hf484d3e_1000
  - jpeg=9c=h14c3975_1001
  - json-c=0.13.1=h14c3975_1001
  - kealib=1.4.10=h1978553_1003
  - kiwisolver=1.0.1=py27h6bb024c_1002
  - krb5=1.16.3=h05b26f9_1001
  - libblas=3.8.0=4_openblas
  - libcblas=3.8.0=4_openblas
  - libcurl=7.64.1=hda55be3_0
  - libdap4=3.19.1=hd48c02d_1000
  - libedit=3.1.20170329=hf8c457e_1001
  - libffi=3.2.1=he1b5a44_1006
  - libgdal=2.4.1=heae24aa_8
  - libiconv=1.15=h516909a_1005
  - libkml=1.3.0=h328b03d_1009
  - liblapack=3.8.0=4_openblas
  - libnetcdf=4.6.2=hbdf4f91_1001
  - libpng=1.6.36=h84994c4_1000
  - libpq=11.2=h4770945_0
  - libspatialindex=1.9.0=he1b5a44_0
  - libspatialite=4.3.0a=hb5ec416_1026
  - libssh2=1.8.2=h22169c7_2
  - libtiff=4.0.10=h648cc4a_1001
  - libuuid=2.32.1=h14c3975_1000
  - libxcb=1.13=h14c3975_1002
  - libxml2=2.9.8=h143f9aa_1005
  - mapclassify=1.0.1=py27_1
  - matplotlib=2.2.3=py27h8a2030e_1
  - matplotlib-base=2.2.3=py27h60b886d_1
  - munch=2.3.2=py_0
  - ncurses=6.1=hf484d3e_1002
  - numpy=1.16.2=py27h8b7e671_1
  - openblas=0.3.5=h9ac9557_1001
  - openjpeg=2.3.0=hf38bd82_1003
  - openssl=1.1.1b=h14c3975_1
  - pandas=0.24.2=py27hf484d3e_0
  - pip=19.0.3=py27_0
  - pixman=0.34.0=h14c3975_1003
  - poppler=0.67.0=h2fc8fa2_1002
  - poppler-data=0.4.9=1
  - postgresql=11.2=h61314c7_0
  - proj4=5.2.0=h14c3975_1001
  - pthread-stubs=0.4=h14c3975_1001
  - pyparsing=2.3.1=py_0
  - pyproj=1.9.6=py27hc0953d3_1000
  - pyqt=5.6.0=py27h13b7fb3_1008
  - python=2.7.15=h721da81_1008
  - python-dateutil=2.8.0=py_0
  - pytz=2018.9=py_0
  - readline=7.0=hf8c457e_1001
  - rtree=0.8.3=py27h666c49c_1002
  - scipy=1.2.1=py27h09a28d5_1
  - setuptools=40.8.0=py27_0
  - shapely=1.6.4=py27h2afed24_1003
  - singledispatch=3.4.0.3=py27_1000
  - sip=4.18.1=py27hf484d3e_1000
  - six=1.12.0=py27_1000
  - sqlite=3.26.0=h67949de_1001
  - subprocess32=3.5.3=py27h14c3975_0
  - tbb=2019.5=hc9558a2_0
  - tk=8.6.9=h84994c4_1001
  - tornado=5.1.1=py27h14c3975_1000
  - tzcode=2018g=h14c3975_1001
  - wheel=0.33.1=py27_0
  - xerces-c=3.2.2=hac72e42_1001
  - xorg-kbproto=1.0.7=h14c3975_1002
  - xorg-libice=1.0.9=h516909a_1004
  - xorg-libsm=1.2.3=h84519dc_1000
  - xorg-libx11=1.6.7=h14c3975_1000
  - xorg-libxau=1.0.9=h14c3975_0
  - xorg-libxdmcp=1.1.3=h516909a_0
  - xorg-libxext=1.3.4=h516909a_0
  - xorg-libxrender=0.9.10=h516909a_1002
  - xorg-renderproto=0.11.1=h14c3975_1002
  - xorg-xextproto=7.3.0=h14c3975_1002
  - xorg-xproto=7.0.31=h14c3975_1007
  - xz=5.2.4=h14c3975_1001
  - zlib=1.2.11=h14c3975_1004
  - freeimageplus=3.18.0=hf484d3e_2
  - gl2ps=1.3.8=h14c3975_4
  - oce=0.17.2=h6bb024c_10
  - pythonocc-core=0.17=py27_1
  - mkl=2017.0.3=0
  - mkl-service=1.1.2=py27_3
  - dbus=1.13.2=h714fa37_1
  - gst-plugins-base=1.14.0=hbbd80ab_1
  - gstreamer=1.14.0=hb453b48_1
  - libgcc-ng=8.2.0=hdf63c60_1
  - libgfortran-ng=7.3.0=hdf63c60_0
  - libstdcxx-ng=8.2.0=hdf63c60_1
  - pcre=8.43=he6710b0_0
  - qt=5.6.3=h8bf5577_3
  - pip:
    - alabaster==0.7.12
    - babel==2.6.0
    - backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0
    - bleach==3.1.0
    - chardet==3.0.4
    - cloudpickle==0.8.1
    - configparser==3.7.4
    - cvxopt==1.2.3
    - decorator==4.4.0
    - defusedxml==0.5.0
    - docutils==0.14
    - doit==0.29.0
    - entrypoints==0.3
    - ephem==3.7.6.0
    - funcsigs==1.0.2
    - h5py==2.9.0
    - idna==2.8
    - imagesize==1.1.0
    - importlib-resources==1.0.2
    - ipaddress==1.0.22
    - ipykernel==4.10.0
    - ipython==5.8.0
    - ipython-genutils==0.2.0
    - ipywidgets==7.4.2
    - jinja2==2.10
    - joblib==0.12.5
    - jsonschema==3.0.1
    - jupyter==1.0.0
    - jupyter-client==5.2.4
    - jupyter-console==5.2.0
    - jupyter-core==4.4.0
    - llvmlite==0.28.0
    - lxml==4.3.3
    - markupsafe==1.1.1
    - mistune==0.8.4
    - mock==2.0.0
    - nbconvert==5.4.1
    - nbformat==4.4.0
    - networkx==2.2
    - notebook==5.7.8
    - numba==0.43.1
    - packaging==19.0
    - pandocfilters==1.4.2
    - pathlib2==2.3.3
    - patsy==0.5.1
    - pbr==5.1.3
    - pexpect==4.6.0
    - pickleshare==0.7.5
    - pkginfo==1.5.0.1
    - plotly==3.7.1
    - prometheus-client==0.6.0
    - prompt-toolkit==1.0.15
    - ptyprocess==0.6.0
    - py4design==0.27
    - pycollada==0.6
    - pygments==2.3.1
    - pyinotify==0.9.6
    - pymc3==3.6
    - pymf==0.1.9
    - pyrsistent==0.14.11
    - pysal==1.14.4.post2
    - pyshp==2.1.0
    - pyyaml==5.1
    - pyzmq==18.0.1
    - qtconsole==4.4.3
    - readme-renderer==24.0
    - requests==2.21.0
    - requests-toolbelt==0.9.1
    - retrying==1.3.3
    - salib==1.2
    - scandir==1.10.0
    - scikit-learn==0.20.3
    - seaborn==0.9.0
    - send2trash==1.5.0
    - simplegeneric==0.8.1
    - snowballstemmer==1.2.1
    - sphinx==1.8.5
    - sphinxcontrib-websupport==1.1.0
    - terminado==0.8.2
    - testpath==0.4.2
    - theano==1.0.4
    - timezonefinder==4.0.1
    - tqdm==4.31.1
    - traitlets==4.3.2
    - twine==1.13.0
    - typing==3.6.6
    - urllib3==1.24.1
    - utm==0.4.2
    - wcwidth==0.1.7
    - webencodings==0.5.1
    - widgetsnbextension==3.4.2
    - xlrd==1.2.0
    - xlwt==1.3.0
    - deap==1.3.0
python ubuntu dependencies conda environment Toivo Säwén
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2
Sim, isso é uma bagunça. Por onde começar ... É altamente provável que muito disso seja desnecessário (você definitivamente não precisa desses canais de espelho chineses se não estiver na China). Eu me desespero por ajudá-lo a resolver isso diretamente. Sua melhor chance é se você realmente tiver alguma base de código que estiver tentando executar. GREP que, para instruções de importação, mantenha apenas o que é importado. E se algo tiver um pacote equivalente no Conda, ele deve realmente ser movido da pipseção, mas isso é apenas uma boa prática e não muito para o seu objetivo de criar o ambiente.
merv
@merv Eu estava preocupado que essa fosse a resposta. Estou curioso para saber por que ele está verificando caminhos de conflito como version='>=2.12.6,<3.0a0'quando está o que dependenciesestá 2.13.1e eu o instalei conda install fontconfig=2.13.1.
Toivo Säwén
Não tenho muita certeza. Se eu tivesse que adivinhar, parece que quando o Conda entra no modo de resolução de conflitos, ele trata as especificações explícitas fontconfig=2.13.1como apenas mais uma restrição, juntamente com as que vêm de todos os pacotes que têm isso como uma dependência (por exemplo, fontconfig[version='>=2.12.6,<3.0a0']) e depois tenta encontrar o cruzamento. Talvez ele simplesmente não perceba que, como todas as suas especificações são explícitas até a compilação, na verdade não há espaço de manobra.
merv

Respostas:

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É provável que esse erro e o comportamento subsequente sejam causados pelo bug do Anaconda que, de tempos em tempos, causa inconsistências no ambiente local. Em 26 de janeiro de 2020, o bug ainda não estava resolvido.

Para mim, o mesmo problema se manifesta profundamente no Mac.

sophros
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3

Em geral, a resposta a esta pergunta é que você deve criar seu .yml manualmente, com apenas os canais e restrições necessários. Você deve relaxar as restrições de versão para que elas pareçam apenas 1,19 em vez de 1,19.10

No entanto, apesar de seguir este conselho, tenho quase exatamente o seu problema no momento. Ele passou muitas horas no fontconfig e eu o deixei durante a noite antes de desistir. Minha especificação é bem simples:

channels:
  - conda-forge
  - usgs-astrogeology
  - defaults
dependencies:
  - python=3.6
  - isis3
  - gdal=2.3

Vou editar isso quando descobrir.

EDIT: este problema está em discussão aqui (específico para o software que eu estava tentando configurar, provavelmente não é útil para outros) https://github.com/USGS-Astrogeology/ISIS3/issues/3570

foobarbecue
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1

No meu caso, eu tinha substituído algumas das versões de compilação (a ...=he4413a7_1000parte) como os do arquivo original tinha sido foram colocados novos rótulos como brokenon conda-forge. No entanto, mesmo que o número da versão não tenha sido alterado para essas dependências, suas subdependências foram alteradas, causando todos esses conflitos. A linha inferior é: não mexa com dependências manualmente.

Resolvi o problema mantendo as especificações da versão de compilação original e adicionando conda-forge/labels/brokenà channelsparte do .ymlarquivo.

Toivo Säwén
fonte
0

Também tive o mesmo problema no Windows 10, usando o pycharm com a versão mais recente do anaconda (python 3.7) a partir de 17 de fevereiro de 2020. Estranhamente, alternar o "use conda package manager" na página do interpretador de projeto nas configurações do pycharm me permitiu atualizar numpy e instalar pacotes normalmente. Tente instalar um pacote sem o gerenciador de pacotes conda e com o gerenciador de pacotes conda. Boa sorte!

Frozenranger
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Eu conheci esse problema e o resolvi. Primeiramente, fiz minha versão anaconda ser consistente com a origem do arquivo yaml. Isso pode ser inútil, mas considero que a versão condda consistente pode prometer um ambiente base consistente. Em segundo lugar, apaguei todas as dependências, mas alguns pacotes 'principais' que eu realmente quero usar no meu arquivo yaml. Isso significa deixar esses pacotes 'principais' lidar com problemas de dependência.

valax
fonte
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Para mim, adicionar o seguinte ao arquivo yaml funcionou:

channels:
  - conda-forge
  - defaults
  - conda-forge/label/broken
Frank Tap
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Eu já escrevi isso em outra resposta?
Toivo Säwén
Sinto muito, você está certo
Frank Tap
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Para mim, trabalhou melhor para fazer:

which python (confirmando que estava na lixeira anaconda3)

python --version
conda search "^python$"

Observe qual versão corresponde à versão (aqui 3.7.3) em uso para o Anaconda (como estou criando um novo ambiente, é lógico que eu poderia usar a mesma versão do Python que o próprio Anaconda está usando). Observe que minha listagem dos canais conda (pesquisa conda acima) mostrou apenas uma linha 3.7.3.

Então faça o seguinte:

conda create -n myenv python=3.7.3 anaconda

Demorou cerca de 1 minuto para executar o último comando :)

Cameron Tully-Smith
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