Parece ter funcionado. Vale a pena notar que, após a instalação do Xcode, talvez você precise esperar um pouco para que as "Ferramentas do desenvolvedor" apareçam em Privacidade. Para os desenvolvedores do Pycharm, parece um pouco ridículo que um download de 7,5 GB seja necessário para essa correção.
jmoz
O PyCharm não apareceu como uma opção pré-selecionada para mim em Ferramentas do desenvolvedor. Usei o ícone + e adicionei PyCharm da pasta do aplicativo. Depois de reiniciar o PyCharm, o erro desapareceu
Respostas:
1) No seu macOS, vá para
System Preferences | Security & Privacy
2) Verifique se o PyCharm está em "Acesso total ao disco" e "Ferramentas de desenvolvedor".
EDIT: você pode precisar instalar o Xcode para que "Developer tools" apareça.
Além disso, vote em https://youtrack.jetbrains.com/issue/PY-38501
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