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Resolvi o problema e postei uma resposta. No entanto, minha solução não é 100% ideal. Eu preferiria apenas remover o symlinkdo cachewith clearstatcache(true, $target)ou clearstatcache(true, $link)mas isso não funciona.

Também prefiro evitar o cache de links simbólicos em primeiro lugar ou remover o link simbólico do cache imediatamente após gerá-lo. Infelizmente, não tive sorte com isso. Por algum motivo, clearstatcache(true)após a criação de um link simbólico não funcionar, ele ainda é armazenado em cache.

Felizmente, darei a recompensa a qualquer pessoa que possa melhorar minha resposta e resolver esses problemas.

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Tentei otimizar meu código gerando um arquivo sempre que clearstatcachefor executado, para que eu só precise limpar o cache uma vez para cada link simbólico. Por alguma razão, isso não funciona. clearstatcacheprecisa ser chamado toda vez que um symlinké incluído no caminho, mas por quê? Deve haver uma maneira de otimizar a solução que tenho.

Eu estou usando PHP 7.3.5com nginx/1.16.0. Às vezes, file_get_contentsretorna o valor errado ao usar a symlink. O problema ocorre após excluir e recriar um link simbólico; seu valor antigo permanece no cache. Às vezes, o valor correto é retornado, às vezes o valor antigo. Parece aleatório.

Eu tentei limpar o cache ou impedir o cache com:

function symlink1($target, $link)
{
    realpath_cache_size(0);
    symlink($target, $link);
    //clearstatcache(true);
}

Eu realmente não quero desativar o cache, mas ainda preciso de 100% de precisão com file_get_contents.

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Não consigo postar meu código-fonte, pois é muito longo e complexo, por isso criei um exemplo mínimo e reproduzível (index.php) que recria o problema:

<h1>Symlink Problem</h1>
<?php
    $dir = getcwd();
    if (isset($_POST['clear-all']))
    {
        $nos = array_values(array_diff(scandir($dir.'/nos'), array('..', '.')));
        foreach ($nos as $no)
        {
            unlink($dir.'/nos/'.$no.'/id.txt');
            rmdir($dir.'/nos/'.$no);
        }
        foreach (array_values(array_diff(scandir($dir.'/ids'), array('..', '.'))) as $id)
            unlink($dir.'/ids/'.$id);
    }
    if (!is_dir($dir.'/nos'))
        mkdir($dir.'/nos');
    if (!is_dir($dir.'/ids'))
        mkdir($dir.'/ids');
    if (isset($_POST['submit']) && !empty($_POST['id']) && ctype_digit($_POST['insert-after']) && ctype_alnum($_POST['id']))
    {
        $nos = array_values(array_diff(scandir($dir.'/nos'), array('..', '.')));
        $total = count($nos);
        if ($total <= 100)
        {
            for ($i = $total; $i >= $_POST['insert-after']; $i--)
            {
                $id = file_get_contents($dir.'/nos/'.$i.'/id.txt');
                unlink($dir.'/ids/'.$id);
                symlink($dir.'/nos/'.($i + 1), $dir.'/ids/'.$id);
                rename($dir.'/nos/'.$i, $dir.'/nos/'.($i + 1));
            }
            echo '<br>';
            mkdir($dir.'/nos/'.$_POST['insert-after']);
            file_put_contents($dir.'/nos/'.$_POST['insert-after'].'/id.txt', $_POST['id']);
            symlink($dir.'/nos/'.$_POST['insert-after'], $dir.'/ids/'.$_POST['id']);
        }
    }
    $nos = array_values(array_diff(scandir($dir.'/nos'), array('..', '.')));
    $total = count($nos) + 1;
    echo '<h2>Ids from nos directory</h2>';
    foreach ($nos as $no)
    {
        echo ($no + 1).':'.file_get_contents("$dir/nos/$no/id.txt").'<br>';
    }
    echo '<h2>Ids from using symlinks</h2>';
    $ids = array_values(array_diff(scandir($dir.'/ids'), array('..', '.')));
    if (count($ids) > 0)
    {
        $success = true;
        foreach ($ids as $id)
        {
            $id1 = file_get_contents("$dir/ids/$id/id.txt");
            echo $id.':'.$id1.'<br>';
            if ($id !== $id1)
                $success = false;
        }
        if ($success)
            echo '<b><font color="blue">Success!</font></b><br>';
        else
            echo '<b><font color="red">Failure!</font></b><br>';
    }
?>
<br>
<h2>Insert ID after</h2>
<form method="post" action="/">
    <select name="insert-after">
        <?php
            for ($i = 0; $i < $total; $i++)
                echo '<option value="'.$i.'">'.$i.'</option>';
        ?>
    </select>
    <input type="text" placeholder="ID" name="id"><br>
    <input type="submit" name="submit" value="Insert"><br>
</form>
<h2>Clear all</h2>
<form method="post" action="/">
    <input type="submit" name="clear-all" value="Clear All"><br>
</form>
<script>
    if (window.history.replaceState)
    {
        window.history.replaceState( null, null, window.location.href );
    }
</script>

Parecia muito provável que fosse um problema com a Nginxconfiguração. Não ter essas linhas pode causar o problema:

fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $realpath_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $realpath_root;

Aqui está minha Nginxconfiguração (você pode ver que eu incluí as linhas acima):

server {
    listen 443 ssl http2;
    listen [::]:443 ssl http2;
    server_name www.websemantica.co.uk;
    root "/path/to/site/root";
    index index.php;

    location / {
        try_files $uri $uri/ $uri.php$is_args$query_string;
    }

    location ~* \.php$ {
        try_files $uri =404;
        fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm/php-fpm.sock;
        fastcgi_param   QUERY_STRING            $query_string;
        fastcgi_param   REQUEST_METHOD          $request_method;
        fastcgi_param   CONTENT_TYPE            $content_type;
        fastcgi_param   CONTENT_LENGTH          $content_length;

        fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME         $realpath_root$fastcgi_script_name;
        fastcgi_param   SCRIPT_NAME             $fastcgi_script_name;
        fastcgi_param   PATH_INFO               $fastcgi_path_info;
        fastcgi_param   PATH_TRANSLATED         $realpath_root$fastcgi_path_info;
        fastcgi_param   REQUEST_URI             $request_uri;
        fastcgi_param   DOCUMENT_URI            $document_uri;
        fastcgi_param   DOCUMENT_ROOT           $realpath_root;
        fastcgi_param   SERVER_PROTOCOL         $server_protocol;

        fastcgi_param   GATEWAY_INTERFACE       CGI/1.1;
        fastcgi_param   SERVER_SOFTWARE         nginx/$nginx_version;

        fastcgi_param   REMOTE_ADDR             $remote_addr;
        fastcgi_param   REMOTE_PORT             $remote_port;
        fastcgi_param   SERVER_ADDR             $server_addr;
        fastcgi_param   SERVER_PORT             $server_port;
        fastcgi_param   SERVER_NAME             $server_name;

        fastcgi_param   HTTPS                   $https;

        # PHP only, required if PHP was built with --enable-force-cgi-redirect
        fastcgi_param   REDIRECT_STATUS         200;

        fastcgi_index index.php;
        fastcgi_read_timeout 3000;
    }

    if ($request_uri ~ (?i)^/([^?]*)\.php($|\?)) {
        return 301 /$1$is_args$args;
    }
    rewrite ^/index$ / permanent;
    rewrite ^/(.*)/$ /$1 permanent;
}

Atualmente, tenho o exemplo acima ao vivo em https://www.websemantica.co.uk .

Tente adicionar alguns valores no formulário. Ele deve aparecer Success!em azul sempre. Às vezes é mostra Failure!em vermelho. Pode levar algumas atualizações de página para mudar de Success!para Failure!ou vice-versa. Eventualmente, ele será exibido Success!sempre, portanto, deve haver algum tipo de problema de armazenamento em cache.

Depende demais do nível do sistema operacional. Então, que tal tentar pensar fora da caixa. Que tal tentar ler a localização real do arquivo readlinke usar esse caminho de localização real?

$realPath = shell_exec("readlink " . $yourSymlink);
$fileContent = file_get_contents($realPath);

Este é o comportamento desejado do PHP, você pode ver isso aqui, porque o PHP usa realpath_cachepara armazenar os caminhos de arquivo devido a aprimoramentos de desempenho, para que possa reduzir as Operações de Disco.

Para evitar esse comportamento, talvez você possa tentar limpar o realpath_cacheantes de usar a get_file_contentsfunção

Você pode tentar algo como isto:

clearstatcache();
$data = file_get_contents("Your File");

Você pode ler mais sobre o clearstatcache no PHP doc.

Existem dois caches.

Primeiro, o cache do sistema operacional e, em seguida, o cache do PHP.

Na maioria dos casos, clearstatcache(true)antes file_get_contents(...)faz o trabalho.

Mas às vezes você também precisa limpar o cache do SO. No caso do Linux, lá posso pensar em dois lugares para limpar. PageCache (1) e dentries / inodes (2).

Isso limpa os dois:

shell_exec('echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches')

Nota: Isso é bom para solucionar problemas, mas não para chamadas frequentes na produção, pois limpa todo o cache do SO e custa ao sistema alguns momentos de re-preenchimento do cache.

"O problema é após excluir e recriar um link simbólico"

Como você exclui o link simbólico? A exclusão de um arquivo (ou um link simbólico) deve limpar automaticamente o cache.

Caso contrário, você poderá ver o que acontece se:

// This has "race condition" written all around it
unlink($link);
touch($link);
unlink($link); // Remove the empty file
symlink($target, $link);

Se isso não resolver o problema, poderia ser um problema com o nginx, como nesta edição ?

Tente registrar todas as operações em um arquivo de log para ver o que realmente acontece.

ou talvez...

... você poderia fazer sem links simbólicos completamente ? Por exemplo, armazene em um banco de dados, memcache, arquivo SQLite ou mesmo em um arquivo JSON o mapeamento entre "nome do arquivo" e "destino real do link simbólico". Usando, por exemplo, redis ou outras lojas de chaves, você pode associar o "nome do arquivo" ao destino real do link simbólico e ignorar completamente a resolução do SO.

Dependendo do caso de uso, isso pode até ser mais rápido do que usar links simbólicos.

Houve dois problemas que causaram o problema.

Primeira edição

Eu já postei como e editei na pergunta. É um problema com a configuração do Nginx.

Estas linhas:

fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $document_root;

necessário substituído por:

fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $realpath_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $realpath_root;

Segunda edição

A segunda questão era que eu precisava ligar clearstatcacheantes de ligar file_get_contents. Eu só quero chamar clearstatcachequando for absolutamente necessário, então escrevi uma função que apenas limpa o cache quando o diretório inclui a symlink.

function file_get_contents1($dir)
{
    $realPath = realpath($dir);
    if ($realPath === false)
        return '';
    if ($dir !== $realPath)
    {
        clearstatcache(true);
    }
    return file_get_contents($dir);
}

Estou deixando minha primeira resposta, pois ainda é uma resposta válida. Estou melhorando a resposta @DanBray implementando clearstatcache (true, $ filename).

Houve dois problemas que causaram o problema.

Primeira edição

Eu já postei como e editei na pergunta. É um problema com a configuração do Nginx.

Estas linhas:

fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $ document_root $ fastcgi_script_name; fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $ document_root;

necessário substituído por:

fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $ realpath_root $ fastcgi_script_name; fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $ realpath_root;

Segunda edição

O segundo problema foi que eu precisava ligar para clearstatcache antes de chamar file_get_contents. Eu só quero chamar clearstatcache quando for absolutamente necessário, então escrevi uma função que limpa o cache apenas quando o diretório inclui um link simbólico.

function file_get_contents1234_hard_drives($dir_go_1){
    $realPath = realpath($dir_go_1);
        $myDirectory=opendir(dirname($realPath));        
        while($entryName=readdir($myDirectory)) {
          $dirArray[]=$entryName;
        }

        /* Finds extensions of files used for my site theelectronichandbook.tech
        function findexts ($filename) {
          $filename=strtolower($filename);
          $exts=split("[/\\.]", $filename);
          $n=count($exts)-1;
          $exts=$exts[$n];
          return $exts;
        }*/

        // Closes directory
        closedir($myDirectory);

        // Counts elements in array
        $indexCount=count($dirArray);
        for($ArPos=1;$ArPos<=$indexCount;$ArPos++){
            /*used for my site theelectronichandbook.tech
            if($_SERVER['QUERY_STRING']=="hidden"){
                $H="";
                $af="./";
                $atext="Hide";
            }else{
                $H=".";
                $af="./?hidden";
                $at="Show";
            }*/
            if(strpos($dirArray[$ArPos], "Symlink") !== false){
                clearstatcache(true,$dir_go_1);
            }
        }
    return file_get_contents($dir_go_1);
}

Testei o código acima com meu servidor web e funcionou.

Tente colocar o código dentro de um elemento que é continuamente atualizado usando o Jquery, além de forçar a revalidação e limpar a captura estática. Este código foi modificado a partir da resposta original @naveed .

form.php:

 <meta http-equiv="Cache-Control" content="no-store, must-revalidate" />
 <meta http-equiv="Expires" content="0"/>
 <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.12.4/jquery.min.js"></script>
 <script> 
 jQuery(document).ready(function(){
    jQuery('.ajaxform').submit( function() {
        $.ajax({
            url     : $(this).attr('action'),
            type    : $(this).attr('method'),
            dataType: 'json',
            data    : $(this).serialize(),
            success : function( data ) {
                        // loop to set the result(value)
                        // in required div(key)
                        for(var id in data) {
                            jQuery('#' + id).html( data[id] );
                        }
                      }
        });
        return false;
    });
});
var timer, delay = 30;
timer = setInterval(function(){
    $.ajax({
      type    : 'POST',
      url     : 'profile.php',
      dataType: 'json',
      data    : $('.ajaxform').serialize(),
      success : function(data){
                  for(var id in data) {
                    jQuery('#' + id).html( data[id] );
                  }
                }
    }); }, delay);
 </script>
 <form action='profile.php' method='post' class='ajaxform'></form>
 <div id='result'></div>

profile.php:

 <?php
       // All form data is in $_POST
       // Now perform actions on form data here and create an result array something like this
       clearstatcache();
       $arr = array( 'result' => file_get_contents("./myfile.text") );
       echo json_encode( $arr );
 ?>