Erro: não foi possível encontrar a função ... em R

Isso deve ser uma pergunta frequente, portanto, seja o mais completo possível. A resposta é uma resposta da comunidade, portanto, fique à vontade para editar se achar que algo está faltando.

Esta questão foi discutida e aprovada na meta.

Estou usando R e tentei, some.functionmas recebi a seguinte mensagem de erro:

Error: could not find function "some.function"

Esta questão surge com muita regularidade. Quando você recebe esse tipo de erro no R, como você pode resolvê-lo?

Há algumas coisas que você deve verificar:

1. Você escreveu o nome da sua função corretamente? Os nomes diferenciam maiúsculas de minúsculas.
2. Você instalou o pacote que contém a função? install.packages("thePackage")(Isso só precisa ser feito uma vez)
3. Você anexou esse pacote ao espaço de trabalho? require(thePackage)ou library(thePackage)(isso deve ser feito toda vez que você inicia uma nova sessão R)
4. Você está usando uma versão R mais antiga, onde essa função ainda não existia?

Se você não tem certeza de qual pacote está localizado, você pode fazer algumas coisas.

1. Se você tem certeza de que instalou e anexou / carregou o pacote certo, digite help.search("some.function")ou ??some.functionpara obter uma caixa de informações que pode informar em qual pacote ele está.
2. finde getAnywheretambém pode ser usado para localizar funções.
3. Se você não tem nenhum indício sobre o pacote, você pode usar findFnno sospacote, como explicado em esta resposta .
4. RSiteSearch("some.function")ou pesquisar com rdocumentation ou rseek são maneiras alternativas de encontrar a função.

Às vezes, você precisa usar uma versão mais antiga do R, mas execute o código criado para uma versão mais recente. Funções adicionadas recentemente (por exemplo, hasName no R 3.4.0) não serão encontradas. Se você usa uma versão R mais antiga e deseja usar uma função mais nova, pode usar o backports do pacote para disponibilizar essas funções. Você também encontra uma lista de funções que precisam ser suportadas no repositório git de backports . Lembre-se de que as versões R anteriores à R3.0.0 são incompatíveis com os pacotes criados para a R3.0.0 e versões posteriores.

Outro problema, na presença de um NAMESPACE, é que você está tentando executar uma função não exportada do pacote foo .

Por exemplo (artificial, eu sei, mas):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

Primeiramente, você não deve chamar os métodos S3 diretamente, mas vamos assumir que plot.prcompna verdade era alguma função interna útil no pacote foo . Chamar essa função se você souber o que está fazendo exige o uso de :::. Você também precisa conhecer o espaço para nome no qual a função é encontrada. Usando getAnywhere()descobrimos que a função está nas estatísticas do pacote :

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

Agora, podemos chamá-lo diretamente usando:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Eu usei plot.prcompapenas como um exemplo para ilustrar o objetivo. Em uso normal, você não deve chamar métodos S3 como este. Mas, como eu disse, se a função que você deseja chamar existe (pode ser uma função de utilitário oculta, por exemplo), mas está em um namespace, R relatará que não pode encontrar a função, a menos que você diga em qual namespace procurar .

Compare isso com o seguinte: stats::plot.prcomp O exemplo acima falha porque, enquanto é statsusado plot.prcomp, não é exportado de statsacordo com o erro:

Erro: 'plot.prcomp' não é um objeto exportado de 'namespace: estatísticas'

Isso está documentado da seguinte maneira:

pkg :: name retorna o valor do nome da variável exportada no namespace pkg, enquanto pkg ::: name retorna o valor do nome da variável interna.

Normalmente, posso resolver esse problema quando um computador está sob meu controle, mas é mais um incômodo ao trabalhar com uma grade. Quando uma grade não é homogênea, nem todas as bibliotecas podem ser instaladas, e minha experiência costuma ser que um pacote não foi instalado porque uma dependência não foi instalada. Para resolver isso, verifico o seguinte:

1. O Fortran está instalado? (Procure por 'gfortran'.) Isso afeta vários pacotes principais em R.
2. O Java está instalado? Os caminhos da classe Java estão corretos?
3. Verifique se o pacote foi instalado pelo administrador e disponível para uso pelo usuário apropriado. Às vezes, os usuários instalam pacotes nos locais errados ou executam sem acesso apropriado às bibliotecas corretas. .libPaths()é um bom cheque.
4. Verifique os lddresultados para R, para ter certeza sobre as bibliotecas compartilhadas
5. É bom executar periodicamente um script que apenas carrega todos os pacotes necessários e faz alguns testes. Isso captura o problema do pacote o mais cedo possível no fluxo de trabalho. É como criar testes ou testes de unidade, exceto que é mais como um teste de fumaça para garantir que as coisas muito básicas funcionem.
6. Se os pacotes podem ser armazenados em um local acessível pela rede, são? Se não puderem, existe uma maneira de garantir versões consistentes nas máquinas? (Pode parecer OT, mas a instalação correta do pacote inclui a disponibilidade da versão correta .)
7. O pacote está disponível para o sistema operacional fornecido? Infelizmente, nem todos os pacotes estão disponíveis nas plataformas. Isso volta à etapa 5. Se possível, tente encontrar uma maneira de lidar com um sistema operacional diferente, alternando para um sabor apropriado de um pacote ou desligue a dependência em certos casos.

Tendo encontrado isso um pouco, algumas dessas etapas se tornam bastante rotineiras. Embora o número 7 possa parecer um bom ponto de partida, eles estão listados na ordem aproximada da frequência em que eu os uso.

Se isso ocorrer enquanto você verifica o seu pacote (verificação do R CMD), consulte o seu NAMESPACE.

Você pode resolver isso adicionando a seguinte declaração ao NAMESPACE:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Isso exporta tudo o que não começa com um ponto ("."). Isso permite que você tenha suas funções ocultas, começando com um ponto:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

Eu tive o erro

Erro: não foi possível encontrar a função some.function

acontecer ao fazer a verificação R CMD de um pacote que eu estava fazendo com o RStudio. Eu achei adicionando

exportPattern (".")

para o arquivo NAMESPACE fez o truque. Como nota de rodapé, eu tinha inicialmente configurado o RStudio para usar o ROxygen para fazer a documentação - e selecionei a configuração em que o ROxygen gravaria meu arquivo NAMESPACE para mim, o que continuava apagando minhas edições. Portanto, na minha instância, desmarquei NAMESPACE da configuração do Roxygen e adicionei exportPattern (".") Ao NAMESPACE para solucionar esse erro.

Este erro pode ocorrer mesmo que o nome da função seja válido se alguns argumentos obrigatórios estiverem ausentes (ou seja, você não forneceu argumentos suficientes).
Eu entendi isso em um contexto Rcpp, onde escrevi uma função C ++ com argumentos opcionais e não forneceu esses argumentos em R. Parecia que argumentos opcionais do C ++ eram vistos como obrigatórios por R. Como resultado, R não pôde encontrar uma função correspondente ao nome correto, mas um número incorreto de argumentos.

Função Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
R Chamadas:
RcppFunction(0)gera o erro
RcppFunction(0, 0)não

O Rdocumentation.org possui uma função de pesquisa muito útil que, entre outras coisas, permite encontrar funções - de todos os pacotes do CRAN, bem como dos pacotes do Bioconductor e do GitHub.

Se você estiver usando, parallelMapprecisará exportar funções personalizadas para os trabalhos escravos, caso contrário, você receberá um erro "não foi possível encontrar a função".

Se você definir um nível não ausente no parallelStartmesmo argumento, deve ser passado para parallelExport, caso contrário, você obterá o mesmo erro. Portanto, isso deve ser rigorosamente seguido:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

Você pode corrigir esse erro espaçando o nome :: a chamada de função

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

para

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

Eu obtive o mesmo erro, estava executando a versão .99xxx, verifiquei atualizações no menu de ajuda e atualizei o My RStudio para 1.0x, e o erro não veio

Solução simples, basta atualizar o seu R Studio