O motivo é comum a todos os aplicativos de LED, não apenas ao Raspberry Pi (ou aos pinos GPIO).
Um LED só pode passar tanta corrente antes de se destruir (muito brilhante!). A corrente máxima varia de acordo com o tamanho e a cor do LED, mas para um LED vermelho de tamanho médio, geralmente pode-se considerar 20mA (verifique esse valor, se você tiver a folha de especificações para o LED à mão - e pequenos LEDs só podem lidar com pequena fração disso).
Um LED vermelho padrão geralmente tem uma queda de tensão em torno de 1,7v e, portanto, o valor do resistor pode ser escolhido para passar 20mA em (tensão - 1,7). Assumindo uma entrada de 5v, isso significa um resistor que passará 20mA a 3,3v, o que (usando a Lei de Ohm) nos fornece uma resistência mínima absoluta de 165 ohms.
O pior que pode acontecer com o uso de um resistor maior é que o LED fica mais escuro que o brilho máximo; portanto, para acomodar LEDs menores que podem passar apenas 10 mA, não é incomum usar 330 ohms e acima.
Eu colocaria um resistor de 470 ohm para uma fonte de 5V para um LED vermelho de tamanho médio e, se o LED estiver muito escuro, reduza-o levemente.
Se você estiver usando um LED vermelho em miniatura, então 1K ohms não soa ultrajante e, para cores mais exóticas (em particular azul, rosa e branco), convém calcular o valor você mesmo.