Locais para publicação de artigos que enfatizam o software

36

O software é uma parte fundamental da ciência computacional e é cada vez mais reconhecido como uma parte essencial do registro científico. Dado o valor de usar códigos existentes e bem testados, parece valer a pena comunicar a existência de códigos úteis o mais amplamente possível e creditar seus criadores. Em um ambiente acadêmico, isso significa publicar alguns trabalhos focados principalmente em software.

Onde se pode publicar trabalhos acadêmicos cujo foco principal é o software computacional? Para ser completamente claro, estou me referindo a trabalhos que podem não incluir nenhuma nova matemática, algoritmo etc. - eles estão realmente focados em software.

Eu também estaria interessado em ouvir daqueles que enviaram esses artigos para essas revistas, como foi a experiência e quais locais eles recomendam.


Resumo das respostas dadas:

David Ketcheson
fonte
11
Uma vez que surgirá eventualmente para a nossa comunidade, e você é um mod, você tem uma taxa de aceitação muito baixa. Além disso, essa parece ser uma pergunta em que não há uma resposta singularmente correta - talvez sua forragem CW?
fomite
Quais são os periódicos, onde posso publicar software gratuitamente? Decidi publicar meu software em (áreas gerais da ciência), mas a maioria dos periódicos exige que eu pague uma quantia considerável.
Eular

Respostas:

5

Existem outros periódicos específicos de aplicativos a serem listados: como o Journal of Computational Physics ou Computer Physics Communications , que aceitam artigos tanto sobre algoritmos quanto sobre o software usado para implementá-los. Se você está no campo da química, o Journal of Chemical Theory and Computation pode ser outro periódico a ser considerado. Tudo isso permite a publicação de pacotes - vi códigos que usei discutidos neles. Computadores e engenharia química permitem documentos de implementação de software, mas eles precisam fazer algo original - não pode ser um documento de "avanço incremental".

aeismail
fonte
De acordo com os objetivos e o escopo de Computadores e Engenharia Química , "Os relatórios de implementação de software devem incluir novos usos de tecnologias de computação de ponta". Não está exatamente claro para mim, a partir dessa frase, o quanto de um adiantamento faria algo novo, mas existem vários exemplos no próprio periódico.
Geoff Oxberry
Você pode me indicar um artigo do JCP cuja ênfase principal é o software?
David Ketcheson
Anderson et al. é o artigo que lançou basicamente o HOOMD. Acho que se pode dizer que eles estão se concentrando mais na "implementação" do que no código, mas, em um determinado momento, é difícil tratar as duas como completamente distintas.
precisa saber é
Hmmmm, sim, eu não estava pensando em papéis orientados para o desempenho quando escrevi a pergunta, mas é uma área cinzenta.
David Ketcheson
4

Os avanços no software de engenharia são bons e os aplicativos variam bastante.

O Journal of Statistical Software é outro que se concentra no software, mas é específico do aplicativo. Muito R neste.

Devo acrescentar que nunca publiquei nenhum deles, portanto não posso falar dessa experiência, mas os sigo e considero os artigos de boa qualidade.

Barron
fonte
4

Eu publiquei alguns papéis de software. Um deles estava no Código Fonte da BMC em Biologia e Medicina - o projeto de Imunologia de Sistemas em Múltiplas Escalas : software para simulação imunológica baseada em células e PLoS ONE - SNPpy - Gerenciamento de Banco de Dados para Dados SNP de Estudos de Associação do Genoma Amplo .

Estes são dois projetos muito diferentes. O primeiro é um sistema baseado em agente de simulação escrito para modelar sistemas de imunologia, portanto pertence à biologia computacional. O último é um sistema baseado em banco de dados para gerenciar dados SNP no contexto do GWAS, portanto pertence à bioinformática.

No que diz respeito à experiência editorial, o tempo de espera foi baixo em comparação com artigos matemáticos, o que foi bom. Os revisores não me deram dificuldades, o que também foi bom. No lado contrário, a publicação de um documento de software consome muito tempo. Você tem um documento mais uma base de código para lidar, sem mencionar a documentação do usuário.

Uma coisa que achei perturbadora foi que vi poucas evidências de que os revisores realmente fizeram um esforço para executar o software e nenhuma evidência de que entenderam o design do código ou até olharam para o código. Ambos os periódicos acima tinham dois relatórios de revisores cada. No primeiro caso (BMC), um revisor indicou que havia tentado instalar / executar o software e falhou (um problema que abordamos), mas das quatro revisões, essa foi a única que mencionou especificamente algo sobre o software real. A maioria dos comentários foi mais geral, sobre questões científicas e questões de endereçamento que fiz no artigo. No geral, tive a impressão de que os revisores acabaram de ler o artigo. Em um mundo ideal, um revisor também teria algum interesse no design do software e nos detalhes do código, incluindo questões como desempenho, dependências, portabilidade, extensibilidade e teste. Os revisores do SNPpy perguntaram sobre portabilidade e extensibilidade. como afirmei no artigo que o software era portátil e extensível, mas não acho que eles tenham realmente analisado o código. Para ser justo, ter uma idéia do que é uma base de código não trivial é um trabalho árduo, e talvez mais do que possa ser razoavelmente esperado de um revisor não remunerado.

Eu usei o LaTeX para ambos os papéis. No caso do PLoS, isso envolveu muito esforço para fazer com que o manuscrito tivesse a aparência que eles queriam, já que eles não usam o LaTeX e estavam executando algum programa de conversão. O PLoS fez uma bagunça em converter minhas figuras, que foram feitas usando o TikZ, e foram muito legais, mas você não saberia disso olhando para a versão deles. Também é importante notar que o PLoS não fornece provas de manuscrito.

Faheem Mitha
fonte
4

O Journal of Computational Chemistry (Seção de artigos especiais) e o International Journal of Quantum Chemistry reportam sobre software e algoritmos.

Deathbreath
fonte
Não vejo nada disso nos objetivos e no escopo do Journal of Computational Chemistry. Você pode apontar para exemplos de papéis de software na revista?
David Ketcheson
Eles possuem uma seção "notícias e atualizações de software" especificamente para software. Consulte as diretrizes do autor ( onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1096-987X/… ) em "tipos de artigos especiais".
khinsen
O JCompChem é um local para relatar atualizações de grandes pacotes de software, mas está longe de ser o melhor local para o trabalho algorítmico. O IJQC caiu bastante nos últimos 20 anos. Atualmente, é um diário de terceiro ou quarto nível. Muito pouco trabalho de software ou algoritmo é relatado lá e o que tende a ser relativamente desinteressante.
11133 Jeff
3

Dois que ainda não vi nesta lista, que podem interessar a alguém além de mim em algum momento, são o American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Se você escreveu um software inteligente para realizar algo que os epidemiologistas se importam, eles podem muito bem publicá-lo. Vi artigos recentes, pelo menos breves, sobre as macros SAS para realizar análises estatísticas um pouco mais sofisticadas, um programa que executa regressão de ponto de junção e um que faz algumas coisas específicas de campo com gráficos acíclicos direcionados.

Acontece que uma das publicações mencionadas estava em Epidemiology : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Nenhum periódico que desconfio diz que está procurando artigos sobre software - sendo periódicos específicos de campo em uma disciplina que não é software, mas análises incluindo software não são incomuns e o link é um exemplo de artigo focado inteiramente em um produto de software.

AJE:

Os artigos que tratam da aplicação prática de métodos epidemiológicos ou estatísticos (como a implementação de técnicas estatísticas ou a avaliação de estratégias de entrevistas) são publicados em uma seção intitulada Practice of Epidemiology.

Epidemiologia: O artigo acima foi publicado como uma carta. Eles também aceitam análises de software, se você tiver um colega amigável ou alguém da área que possa estar interessado.

Eu sei que eles incentivam suplementos eletrônicos com código, e eu tive algo pelo menos revisado lá com um link para um repositório do Github.

Fomite
fonte
Você pode fornecer links para exemplos específicos? Não vejo nada sobre software na descrição do diário.
David Ketcheson
@DavidKetcheson Conforme solicitado
Fomite
3

O Journal of Machine Learning Research (JMLR) possui uma faixa 'Machine Learning Open Source Software'. É bastante seletivo (o que eu acho uma coisa boa). A revista é totalmente gratuita (para autores e leitores) e dirigida por voluntários.

Gael Varoquaux
fonte
3

A Sociedade de Otimização matemática lançou recentemente o Journal

Computação em Programação Matemática

Dos seus "Objetivos e Escopo":

A Computação em Programação Matemática (MPC) publica artigos de pesquisa originais que cobrem questões computacionais em otimização matemática. Os artigos relatam software inovador, testes comparativos, ambientes de modelagem, bibliotecas de dados e / ou aplicativos. Uma característica principal da revista é a inclusão de software e dados que os acompanham nos manuscritos enviados.

Sobre os tópicos, eles escrevem:

Os tópicos abordados no MPC incluem programação linear, otimização convexa, otimização não linear, otimização estocástica, otimização robusta, programação inteira, otimização combinatória, otimização global, algoritmos de rede e linguagens de modelagem.

Dirk
fonte
3

Computar em Ciência e Engenharia é outra opção. É um híbrido de uma revista científica (com artigos de referência) e uma revista (com colunas regulares não referenciadas). Publica artigos que seus leitores provavelmente acharão interessantes. Um artigo sobre software deve, portanto, conter algum material interessante, por exemplo, sobre técnicas específicas usadas, úteis para um público mais amplo do que o próprio software.

Talvez eu deva acrescentar que sou membro do conselho editorial desta revista.

khinsen
fonte
3

A programação científica é uma opção que permite um foco nas técnicas de programação empregadas na escrita de software científico. (Divulgação: Estou no Conselho Consultivo Editorial.)

David Ketcheson
fonte
11
Link para "Programação científica"?
Faheem Mitha
0

Existem alguns diários específicos de aplicativos

Computadores e geociência, Computadores e fluidos, Computadores e estruturas,

etc.

stali
fonte
11
Você pode publicar artigos sobre software nesses? Não está claro para mim pelos seus "objetivos e escopo". Parece que os artigos devem incluir novos algoritmos ou novos aplicativos.
David Ketcheson