Estou planejando usar multigrid para calcular alguns autovalores e vetores, e notei que o PETSc tem suporte de alto nível para multigrid. A documentação do PETSc diz que essa parte do PETSc não deve ser usada, pois será substituída em breve. Quais outras bibliotecas têm suporte de alto nível para...
Nosso grupo de trabalho produz um aplicativo de desktop que simula o desempenho energético da construção. É um aplicativo .NET e, quando o usuário está executando muitas simulações, pode consumir bastante tempo. As simulações são totalmente paralelizáveis, e temos alguns recursos de computação HPC...
Como esta pergunta está relacionada à computação, decidi postar aqui. Espero que seja visto como apropriado. Acabei de começar a executar modelos atmosféricos e oceânicos e percebo que preciso de mais núcleos, memória e espaço em disco do que minha área de trabalho atual. Minha instituição possui...
Gostaria de saber se existe uma maneira rápida de calcular a distância euclidiana de dois vetores na oitava. Parece que não há função especial para isso, então devo usar apenas a fórmula com
Estou em um campo que não faz necessariamente muito trabalho com HPC e, quando o encontra, geralmente é o resultado de pesquisadores de outros campos explorando novas aplicações para seus métodos e afins. Principalmente o que isso significa é que ele nunca é realmente introduzido no curso dos...
Estou usando o Valgrind + Callgrind para criar um perfil para o solucionador que escrevi. Conforme o manual do usuário do Valgrind, compilei meu código com as opções de depuração para o compilador: "Sem as informações de depuração, a melhor ferramenta que o Valgrind poderá fazer é adivinhar a...
O que mais detesto no MPI é lidar com tipos de dados (isto é, mapas de dados / máscaras) porque eles não se encaixam muito bem com o C ++ orientado a objetos. boost::mpino entanto, apenas suporta o MPI 1.1 no site: O boost :: mpi é uma interface amigável em C ++ para a Interface de transmissão...
Eu tenho um PETSc Mate gostaria de estimar seu número de
Meu grupo de pesquisa se concentra na dinâmica molecular, que obviamente pode gerar gigabytes de dados como parte de uma única trajetória que deve ser analisada. Vários dos problemas com os quais estamos preocupados envolvem correlações no conjunto de dados, o que significa que precisamos...
Onde quer que eu tenha visto, os tutoriais / documentos do PETSc etc. dizem que é útil para álgebra linear e geralmente especifica que sistemas esparsos serão beneficiados. E matrizes densas? Estou preocupado sobre como resolver para densa .AA x = bUMAx=bAx=bUMAUMAA Eu escrevi meu próprio código...
Eu estava brincando com o PETSc e percebi que quando executo meu programa com mais de um processo via MPI, ele parece correr ainda mais devagar ! Como posso verificar para ver o que está
Pergunta: Quais métodos estão disponíveis para calcular com precisão e eficiência a estrutura de esparsidade de uma matriz de elementos finitos? Info: Estou trabalhando em um solucionador de equações de pressão de Poisson, usando o método de Galerkin com base em Lagrange quadrático, escrito em C,...
A função tem singularidade próxima de . Porém, essa singularidade pode ser levantada: para , deve-se ter , pois E, portanto, No entanto, a forma não é apenas definida em , também é numericamente instável nas proximidades desse ponto; a fim de avaliar para muito pequena numericamente, pode-se...
A conclusão aqui: Quão melhores são os compiladores Fortran realmente? é que o gfortran e o gcc são tão rápidos quanto o código simples. Então, eu queria tentar algo mais complicado. Peguei o exemplo do tiroteio da norma espectral. Primeiro eu pré-calculo a matriz 2D A (:, :) e depois calculo a...
Normalmente, escrevo código serial e, quando o faço, escrevo testes de unidade com alguma estrutura de teste no estilo xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose ou estrutura de teste C ++ do Google). Com base em uma pesquisa superficial do Google, não tenho visto muito sobre como os profissionais...
Os estudos de caso da minha tese de doutorado exigem que eu tenha extensões de intervalo das sub - rotinas Fortran no CHEMKIN-II (desculpas pelo link; é o melhor que eu poderia encontrar para um pacote que não é mais distribuído pelo Sandia National Laboratory). CHEMKIN-II é um pacote químico usado...
Para aplicativos que exigem recursos computacionais significativos, o alto desempenho pode ser um fator crítico quando se trata de fornecer resultados científicos ou obter "avanços" em tempo razoável. Quanto tempo e esforço os desenvolvedores de software devem investir na otimização de um...
Eu tenho lido o livro Computer Simulation of Liquids de Allen e Tildesley. A partir da página 71, os autores discutem os vários algoritmos usados para integrar as equações de movimento de Newton em simulações de dinâmica molecular (MD). A partir da página 78, os autores discutem o algoritmo...
Eu tenho usado o GSL como base de muitas de minhas simulações, mas é um pouco exagerado para meus propósitos e define seu próprio tipo complexo por motivos legados. Em vez de codificar meu próprio solucionador Runge-Kutta ODE, o que provavelmente não seria muito eficiente, há algum solucionador ODE...
Preciso resolver o mesmo sistema linear esparso (300x300 a 1000x1000) com muitos lados do lado direito (300 a 1000). Além deste primeiro problema, eu também gostaria de resolver sistemas diferentes, mas com os mesmos elementos diferentes de zero (apenas valores diferentes), ou seja, muitos sistemas...