Estou desenvolvendo um código maior para realizar cálculos de autovalor de enormes matrizes esparsas, no contexto da física computacional. Testo minhas rotinas contra o oscilador harmônico simples em uma dimensão, uma vez que os autovalores são bem conhecidos analiticamente. Fazendo isso e...
Meu grupo de pesquisa se concentra na dinâmica molecular, que obviamente pode gerar gigabytes de dados como parte de uma única trajetória que deve ser analisada. Vários dos problemas com os quais estamos preocupados envolvem correlações no conjunto de dados, o que significa que precisamos...
Desejo implementar o seguinte expressão em Python: onde x e y são matrizes numpy de tamanho n , e k é uma matriz numpy de tamanho n × n . O tamanho n pode ser de até 10000, e a função faz parte de um loop interno que será avaliado muitas vezes, portanto a velocidade é importante.xEu= ∑j = 1i -...
Alguém aqui usou computação científica de precisão dupla com GPUs de nova geração (por exemplo, K20) por meio de Python? Sei que essa tecnologia está evoluindo rapidamente, mas qual é a melhor maneira de fazer isso atualmente? A GPU está fora do escopo das bibliotecas científicas populares do...
Estou escrevendo um artigo reproduzível, e o artigo tem resultados computacionais gerados por um script Python (um script MATLAB semelhante gera resultados quase idênticos). Eu acho que o artigo seria mais fácil de entender para os leitores se eles pudessem combinar os cálculos no papel com os...
Eu tenho usado métodos diferentes para calcular a classificação de uma matriz e a solução de um sistema matricial de equações. Me deparei com a função linalg.svd. Comparando isso com o meu próprio esforço de resolver o sistema com a Eliminação Gaussiana, parece ser mais rápido e preciso. Estou...
Estou tendo problemas para implementar uma função numericamente. Ele sofre com o fato de que, com valores de entrada grandes, o resultado é um número muito grande vezes um número muito pequeno. Não tenho certeza se o cancelamento catastrófico é o termo correto, por favor, corrija-me se for....
Estou com uma certa frustração com a maneira como o matlab lida com a integração numérica versus o Scipy. Observo as seguintes diferenças no meu código de teste abaixo: A versão do Matlab é executada em média 24 vezes mais rápido que o meu equivalente em python! A versão do Matlab é capaz de...
Estou tentando descobrir se existe uma maneira mais rápida de calcular todos os autovalores e autovetores de uma matriz de adjacência muito grande e esparsa do que usar scipy.sparse.linalg.eigsh Até onde eu sei, esse método usa apenas a escassez e atributos de simetria da matriz. Uma matriz de...
Eu sou novo em programação e estou tentando resolver meu primeiro grande problema e escrever meu primeiro grande programa. Procurei exemplos de código-fonte aberto para aprender, mas até agora encontrei o código em idiomas que não entendo completamente ou que fazem coisas relacionadas, mas ainda...
Eu preciso resolver s.t.minx∥Ax−b∥22,∑ixi=1,xi≥0,∀i.minx‖Ax−b‖22,s.t.∑ixi=1,xi≥0,∀i.\begin{alignat}{1} & \min_{x}\|Ax - b\|^2_{2}, \\ \mathrm{s.t.} & \quad\sum_{i}x_{i} = 1, \\ & \quad x_{i} \geq 0, \quad \forall{i}. \end{alignat} Eu acho que é um problema quadrático que deve ser solucionado...
CVXOPT: http://abel.ee.ucla.edu/cvxopt/index.html OpenOpt: http://openopt.org/Welcome Qual a relação entre eles? Quais são as vantagens / desvantagens deles, respectivamente? BTW, existe alguma outra biblioteca de otimização convexa de alta qualidade para Python / C ++ de propósito...
Eu estou tentando implementar a quarta ordem método de Runge-Kutta para resolver um primeiro ODE ordem em Python ou seja, . Eu entendo como o método funciona, mas estou tentando escrever um algoritmo eficiente que minimize o número de vezes quef(x,y)é calculado, pois isso é bastante caro....
Eu li em algum lugar que o Pandas foi desenvolvido pela primeira vez para o mundo financeiro, pelo menos não especialmente para as ciências naturais (física, biologia e assim por diante), então existe algum pacote Python de análise de dados semelhante mais "orientado para as ciências...
Tenho experiência em codificar OpenMP para máquinas de memória compartilhada (em C e FORTRAN) para realizar tarefas simples como adição de matriz, multiplicação etc. (Apenas para ver como ele compete com o LAPACK). Conheço o OpenMP o suficiente para realizar tarefas simples sem a necessidade de...
A essência da minha pergunta é a seguinte: Eu tenho um sistema de dois EDOs. Um tem uma restrição de valor inicial e o outro tem uma restrição de valor final. Isso pode ser pensado como um sistema único com uma restrição de valor inicial em algumas variáveis e uma restrição de valor final em...
Existem algoritmos para detecção da comunidade para gráficos bipartidos (redes de dois modos) implementados no igraph, networkX, R ou Python etc.? Em particular, existe uma implementação em que alguém seria capaz de restringir a detecção de comunidades apenas em um dos dois...
Quanto mais lento o petsc4py vs c / c ++ / fortran? Sei que isso dependerá significativamente do código que está sendo executado, mas e algo simples como um produto de vetor de
Eu tenho um problema físico governado pela equação de Poisson em duas dimensões Tenho medidas dos dois componentes do gradiente ∂ u / ∂ x e ∂ u / ∂ y ao longo de alguma parte do limite, Γ m , então gostaria de impor ∂ u−∇2u=f(x,y),inΩ−∇2u=f(x,y),inΩ -\nabla^2 u = f(x,y), \; in \;...
Por favor, liste o pacote Python (petsc4py, etc ...) e os solucionadores diretos esparsos que ele suporta. Uma resposta (wiki da comunidade) por pacote, por