Como OP indica a ordem do log_format, é realmente muito importante, no caso de log_formats personalizados, se você colocar no mesmo diretório os arquivos dos dois tipos, alguns com log_formats, alguns arquivos com blocos de servidores que fazem uso desses log_formats, o resultado será um configuração altamente irrepetível.
No trabalho, quando movemos nosso farm nginx feito à mão para fantoches, começamos a ver algumas instalações nginx do zero para falhar em um hardware / configuração idêntico, depois de muitas situações bizarras de depuração, como ter dois / etc / nginx / * (- r) com um md5match e o mesmo binário produzindo resultados diferentes (erro inválido de log_format em um e trabalhando no outro), aprendemos da maneira mais difícil que ordem é realmente muito importante para algumas diretivas como log_format.
Corrigimos o problema apenas movendo a geração de blocos do servidor de conf.d / * para outra pasta incluída após conf.d / *.