"Diretórios contendo diretórios e arquivos" parece ter existido para sempre, mas deve ter havido um primeiro.
Penso que Multics introduziu o primeiro sistema de arquivos hierárquico e o apresentou na Fall Joint Computer Conference de 1965. (A referência é um dos documentos dessa conferência, descrevendo o sistema de arquivos.)
É claro que o Unix também possui um sistema de arquivos hierárquico, que parece ter herdado do Multics.
O artigo da wikipedia no Unix diz:
O Unix também popularizou o sistema de arquivos hierárquico com subdiretórios aninhados arbitrariamente, originalmente introduzidos por Multics. Outros sistemas operacionais comuns da época tinham maneiras de dividir um dispositivo de armazenamento em vários diretórios ou seções, mas tinham um número fixo de níveis, geralmente apenas um nível. Vários principais sistemas operacionais proprietários eventualmente adicionaram recursos de subdiretório recursivo, também padronizados após o Multics. A hierarquia "grupo, usuário" do RSX-11M da DEC evoluiu para diretórios VMS, os volumes do CP / M evoluíram para os subdiretórios MS-DOS 2.0+ e o grupo MPE da HP. A hierarquia de contas e os sistemas de bibliotecas SSP e OS / 400 da IBM foram dobrados em um arquivo POSIX mais amplo sistemas.
O sistema de arquivos hierárquico mais antigo com o qual eu tinha experiência pessoal na época de seu lançamento foi o ODS-2 , introduzido no VMS em 1979.
Um sistema de arquivos hierárquico inicial foi desenvolvido para a Marca 1 da Contabilidade da Máquina de Gravação Eletrônica (ERMA), conforme apresentado neste documento da Conferência Conjunta de Computadores da Eastern Joint 1958, Organização que Gerou e Recuperou Registros de um Projeto de Engenharia de Grande Escala por GA Barnard III e L. Fein :
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A IBM desenvolveu o IMS em 1966, mas acho que você está procurando algo mais simples do que isso
http://en.wikipedia.org/wiki/IBM_Information_Management_System
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Não tenho muita certeza sobre essas informações, mas o sistema ICL para armazenamento em tambores de alta velocidade (núcleo de concreto) não era um sistema hierárquico? Isso ocorre aproximadamente ao mesmo tempo que o sistema ICL CAFS que (como a resposta de Don) foi introduzido pela primeira vez em 1965.
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O sistema ICL pode se enquadrar na categoria (descrita por Don no artigo da Wikipedia) como tendo um número fixo de níveis. Não sei onde encontrar as informações para resolver se elas eram realmente hierárquicas. O sistema ICL foi desenvolvido a partir da linha LEO (de várias empresas que foram combinadas para formar o ICL) que não possuíam (AFAIK) nenhum armazenamento persistente - dependendo de linhas de atraso de mercúrio para armazenamento temporário.
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