Estou usando a adonis()
função no vegan
pacote para determinar 1) se as espécies hospedeiras co-ocorrentes variam em sua comunidade microbiana em vários locais e 2) se os locais são diferentes. Examinei todas as postagens no CV e no SO, e não há uma resposta clara sobre como determinar a significância de vários fatores usando a função adonis.
Fiz isso pela primeira vez, conforme sugerido por /programming/26768779/vegan-adonis-unbalanced-design-ss-type-ii-or-iii :
em que jacc é uma matriz de dissimilaridade usando a métrica jaccard
adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare)
adonis
Call:
adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare)
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Species 2 0.6055 0.30273 1.7690 0.04981 0.004 **
Site 4 2.1378 0.53445 3.1231 0.17587 0.001 ***
Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432
Total 61 12.1554 1.00000
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Em seguida, inverta a ordem:
adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare)
adonis_2
Call:
adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare)
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Site 4 2.4385 0.60962 3.5623 0.20061 0.001 ***
Species 2 0.3048 0.15238 0.8904 0.02507 0.716
Residuals 55 9.4122 0.17113 0.77432
Total 61 12.1554 1.00000
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Mas não sei como interpretar isso, porque a ordem é importante e não tenho muita certeza se há diferenças entre as espécies.
Após algumas pesquisas, decidi usar os estratos.
Penso que isto está dizendo: as espécies co-ocorrentes são diferentes quando você só compara espécies nos mesmos locais.
species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare)
species_adonis
Call:
adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site)
Blocks: strata
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Species 2 0.6055 0.30273 1.5464 0.04981 0.335
Residuals 59 11.5500 0.19576 0.95019
Total 61 12.1554 1.00000
Depois, para fazer a pergunta sobre o local, usei espécies no bloqueio.
Eu acho que isso está dizendo: os sites são diferentes quando você compara apenas a mesma espécie
site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare)
Call:
adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species)
Blocks: strata
Permutation: free
Number of permutations: 999
Terms added sequentially (first to last)
Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model R2 Pr(>F)
Site 4 2.4385 0.60962 3.5761 0.20061 0.001 ***
Residuals 57 9.7169 0.17047 0.79939
Total 61 12.1554 1.00000
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Minha conclusão é que a comunidade microbiana de uma determinada espécie difere entre os locais, mas que a comunidade microbiana não difere entre as espécies hospedeiras.
Minha abordagem está correta ou estou interpretando mal o uso de estratos (por exemplo, bloqueio)?
Ou existe uma maneira de obter uma média dos testes quando mudei a ordem das variáveis?
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