Na prática, a diferença é enorme. A suposição exógena a que você se refere exige que os erros não sejam correlacionados com os regressores. Se eles estão correlacionados, você não pode confiar nas regressões com regressores estocásticos.
Por exemplo, em estudos observacionais, como praticamente toda a economia, você não controla os regressores. Você não pode definir o PIB dos EUA para um nível desejado, apenas pode observá-lo. Portanto, no modelo em que o PIB é um regressor, você deseja que os erros sejam independentes do PIB, porque nesse modelo você pode assumir apenas regressores estocásticos.
Quando seus erros estão correlacionados com os regressores, você obtém um problema de endogeneidade. Existem maneiras de lidar com isso, como o uso de regressores atrasados ou variáveis instrumentais.
Na econometria, um exemplo de livro didático é o impacto do preço exógeno na demanda. Estamos falando de equações típicas de oferta e demanda. Aqui, o problema é que os preços também dependem da oferta. Portanto, há uma questão de endogeneidade, que qualquer economista indicará prontamente. Isso é para responder à sua pergunta sobre a viabilidade de testar a suposição.
Depois de descobrir que a endogeneidade está aqui, você pode procurar a chamada variável instrumental. Estes são regressores que estão correlacionados com o preço, mas não com a demanda, ou seja, algo que pode impactar a oferta, por exemplo. Se a demanda é por laranjas, talvez uma temperatura na Flórida na primavera seja um instrumento adequado, porque isso afetará a oferta de laranjas - e o preço - mas não a demanda. Então, você conecta esse instrumento à regressão e mostra o impacto do preço sob demanda