Esta não é uma pergunta fácil de responder (pelo menos para mim), mas meu palpite é que a grande maioria das pessoas segue as configurações padrão do programa que está usando (independentemente de esta ser a abordagem correta ou não). E estou bastante confiante de que aqueles que sabem que tipo de soma de quadrados usar (e se afastam das configurações padrão), mencionarão isso nos métodos.
Pessoalmente, acho mais preocupante o fato de muitos trabalhos falharem em mencionar com cuidado o programa / pacote / funções que foram usados para executar as análises. Saber disso pode ajudar a restringir quais configurações foram usadas.
Não tenho um documento em mãos no momento que relate o tipo de soma de quadrados que foi usado para executar as análises, mas se eu encontrar um, o adicionarei à minha resposta.
EDIT:
Pesquisando no Google Scholar usando uma palavra-chave do campo em que você está interessado, com a adição de "somas de quadrados", você será direcionado para os trabalhos solicitados. Por exemplo, no meu caso, procurei somas de quadrados com água no xilema , o que resultou neste artigo http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1469-8137.2003.00816.x/full (consulte a Tabela 1 e 2) )