Há uma variedade muito ampla de métodos de agrupamento, que são exploratórios por natureza, e não creio que nenhum deles, seja hierárquico ou baseado em partições, se baseie no tipo de suposições que se deve atender para analisar a variação.
Olhando a documentação [MV] no Stata para responder sua pergunta, achei esta citação divertida na página 85:
Embora alguns tenham dito que existem tantos métodos de análise de cluster quanto pessoas executando análise de cluster. Este é um eufemismo total! Existem infinitamente mais maneiras de executar uma análise de cluster do que as pessoas que as executam.
Nesse contexto, duvido que haja alguma suposição aplicada ao método de clustering. O restante do texto apenas estabelece como regra geral que você precisa de alguma forma de "medida de dissimilaridade", que nem precisa estar a uma distância métrica, para criar agrupamentos.
Há uma exceção, porém, que é quando você agrupa observações como parte de uma análise pós-estimativa. No Stata, o vce
comando vem com o seguinte aviso, na página 86 da mesma fonte:
Se você estiver familiarizado com a grande variedade de comandos de estimativa do Stata, tenha cuidado para distinguir entre a análise de cluster (o comando cluster) e a opção vce (cluster clustvar) permitida com muitos comandos de estimativa. A análise de cluster localiza grupos nos dados. A opção vce (cluster clustvar) permitida com vários comandos de estimativa indica que as observações são independentes nos grupos definidos pela opção, mas não necessariamente independentes nesses grupos. Uma variável de agrupamento produzida pelo comando cluster raramente satisfaz a suposição por trás do uso da opção vce (cluster clustvar).
Com base nisso, eu assumiria que observações independentes não são necessárias fora desse caso específico. Intuitivamente, eu acrescentaria que a análise de cluster pode até ser usada com o objetivo preciso de explorar até que ponto as observações são independentes ou não.
Terminarei mencionando que, em página 356 da Estatística com Stata , Lawrence Hamilton menciona variáveis padronizadas como um aspecto "essencial" da análise de agrupamentos, embora ele não tenha se aprofundado mais sobre o assunto.