O estudo científico dos princípios da hereditariedade e a variação das características herdadas entre organismos relacionados.
Estou ficando um pouco confuso sobre a seleção de recursos e o aprendizado de máquina e fiquei imaginando se você poderia me ajudar. Eu tenho um conjunto de dados de microarray que é classificado em dois grupos e possui milhares de recursos. Meu objetivo é obter um pequeno número de genes (meus...
Em outras palavras, com base no seguinte, o que é p? Para tornar isso um problema de matemática em vez de antropologia ou ciências sociais, e para simplificar o problema, suponha que os parceiros sejam selecionados com igual probabilidade em toda a população, exceto que irmãos e primos em primeiro...
Eu tenho valores de p em muitos testes e gostaria de saber se há realmente algo significativo após a correção para vários testes. A complicação: meus testes não são independentes. O método em que estou pensando (uma variante do Método do Produto de Fisher, Zaykin et al., Genet Epidemiol , 2002)...
Precisão é definida como: p = true positives / (true positives + false positives) É verdade que, como true positivese false positivesabordagem 0, a precisão se aproxima de 1? Mesma pergunta para recall: r = true positives / (true positives + false negatives) No momento, estou implementando...
Em estudos de associação ampla do genoma (GWAS): Quais são os principais componentes? Por que eles são usados? Como eles são calculados? Um estudo de associação em todo o genoma pode ser realizado sem o uso de
Nos estudos de expressão gênica usando microarranjos, os dados de intensidade devem ser normalizados para que as intensidades possam ser comparadas entre indivíduos, entre genes. Conceitualmente e algoritmicamente, como funciona a "normalização quantílica" e como você explicaria isso a um não...
Espero que alguém nesses fóruns possa me ajudar com esse problema básico nos estudos de expressão gênica. Fiz sequenciamento profundo de um tecido experimental e de controle. Em seguida, obtive valores de enriquecimento dobrado de genes na amostra experimental sob controle. O genoma de referência...
Se eu supor que uma assinatura de gene identificará indivíduos com menor risco de recorrência, ou seja, diminuir em 0,5 (taxa de risco de 0,5) a taxa de eventos em 20% da população e pretendo usar amostras de um estudo de coorte retrospectivo. O tamanho da amostra precisa ser ajustado para números...
Estou tentando resumir o que entendi até agora na análise multivariada penalizada com conjuntos de dados de alta dimensão, e ainda luto para obter uma definição adequada da penalização de limiar suave versus penalização por Lasso (ou ).L1L1L_1 Mais precisamente, usei a regressão PLS esparsa para...
Por que alguém usaria a idade e o quadrado da idade como covariáveis em um estudo de associação genética? Eu posso entender o uso da idade se ela foi identificada como uma covariável significativa, mas estou perplexo quanto ao uso do quadrado da
Antecedentes Biológicos Com o tempo, algumas espécies de plantas tendem a duplicar todo o seu genoma, ganhando uma cópia adicional de cada gene. Devido à instabilidade dessa configuração, muitos desses genes são excluídos e o genoma se rearranja e se estabiliza, pronto para duplicar novamente....
Eu tenho uma matriz , onde é o número de genes é o número de pacientes. Qualquer pessoa que trabalhou com esses dados sabe que é sempre maior que . Utilizando a seleção de características, obtive até um número mais razoável, no entanto, ainda é maior que .p n p n p p nn×pn×pn\times...
Em um artigo que estava lendo recentemente, me deparei com o seguinte bit na seção de análise de dados: A tabela de dados foi então dividida em tecidos e linhas celulares, e as duas subtabelas foram polidas separadamente por mediana (as linhas e colunas foram ajustadas iterativamente para ter...
Eu tenho dois conjuntos de dados de estudos de associação em todo o genoma. A única informação disponível são as razões ímpares e seus intervalos de confiança (95%) para cada SNP genotipado. Meu desejo é gerar um gráfico de floresta comparando essas duas taxas de chances, mas não consigo encontrar...
Eu tenho dois conjuntos de dados de estudos de associação em todo o genoma. A única informação disponível é a razão de chances e o valor p para o primeiro conjunto de dados. Para o segundo conjunto de dados, eu tenho a Odds Ratio, valor de p e frequências de alelos (AFD = doença, AFC = controles)...
Pegue 20 pontos aleatórios em um espaço de 10.000 dimensões com cada ID de coordenada de . Divida-os em 10 pares ("casais") e adicione a média de cada par ("um filho") ao conjunto de dados. Em seguida, faça o PCA nos 30 pontos resultantes e plote PC1 vs PC2.N( 0 , 1 )N(0 0,1 1)\mathcal N(0,1) Uma...
Eu tenho dois grupos de 10 participantes que foram avaliados três vezes durante um experimento. Para testar as diferenças entre os grupos e nas três avaliações, executei um ANOVA de desenho misto 2x3 com group(controle, experimental), time(primeiro, segundo, três) e group x time. Ambos timee...
Eu tenho 2 estudos analisando a resposta do paciente ao mesmo medicamento. O estudo 1 encontrou 10.000 genes expressos acima do plano de fundo e 500 deles são diferencialmente expressos e referidos como a assinatura da resposta ao medicamento. O estudo 2 encontrou 1.000 genes representando a...