Desde que ouvi falar sobre o problema do BadUSB, no qual o firmware de um pendrive pode ser alterado maliciosamente, pensei em maneiras de evitar esse problema.
O uso de cartões SD como alternativa aos pen drives (dado que todos os computadores que eu tenho possuem leitores de cartão) evitaria esse problema?
Percebo que esses leitores de cartão ainda seriam suscetíveis à destruição de hardware, mas estou mais preocupado com o software.
Até certo ponto, é mais seguro. Mas os cartões SD estão se transformando mais em USB todos os dias.
Os cartões SD ainda estarão vulneráveis a ter vírus neles, e um usuário clicando no programa para iniciá-los. Ainda não os vejo sendo usados como hid (dispositivos de interface humana), portanto, você deve estar seguro nesse aspecto.
Dito isto, qual é o seu potencial vetor de ataque? Você está compartilhando os cartões SD ou pen drives com outras pessoas (estranhos ou conhecidos)? Se você é o único usuário e manterá o controle completo das unidades flash, não me preocuparia.