Na verdade o AppData a pasta será preservada se você escolher "Manter arquivos e configurações" durante a atualização do Windows.
No entanto, esta pasta é migrada para a nova versão do Windows, por exemplo C:\Users\Username\AppDataEntão, se você está procurando por um determinado arquivo que estava em AppData da versão anterior, basta olhar no AppData da versão mais recente.
Por favor, note: Por mais que o Windows tente preservar esses arquivos durante a atualização, nem todos os arquivos são salvos, por exemplo, alguns dados de jogos (anteriormente nesta pasta) e, conseqüentemente, aqueles não preservados, suspeito que eles tenham sido excluídos. Daí apenas a pasta Microsoft restante.