Você pode alterar o local dos diretórios dos arquivos de programa no registro nas seguintes chaves.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramFilesDir
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\CommonFilesDir
Em seguida, reinicie o seu sistema.
No entanto, sendo um testador de software como uma profissão, eu recomendaria NÃO O FAÇA .
Alterar a localização deve funcionar se você puder assumir que nenhum software possui caminhos codificados no aplicativo.
Muitos, diabos, a maioria dos aplicativos usa caminhos codificados, o que leva a um sistema muito, muito instável.
Também acho que particionar um disco simplesmente não vale a pena. Você normalmente fica sem espaço na sua unidade C ou tem pedaços de espaço livre espalhados pelas unidades que não pode usar e, se o disco falhar, você perde tudo.
Edit: Aqui está um link para um artigo da Microsoft KB sobre o assunto http://support.microsoft.com/kb/933700
Eu acho que 3GB é um pouco pequeno demais, mas é porque eu prefiro que o disco do SO tenha um espaço extra. Eu acho que 5 GB deve ser suficiente.
No que diz respeito a querer mover o diretório Arquivos de Programas, confira este link
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