Você pode querer criar um arquivo .screenrc personalizado para abrir janelas específicas para qualquer projeto / ambiente em que esteja trabalhando ao iniciar a tela. Dessa forma, suas janelas sempre estarão na mesma ordem e com o mesmo nome, e você pode até iniciar os programas que desejar em cada janela.
Aqui está o meu arquivo .screenrc.ror, que eu uso ao trabalhar em projetos Ruby on Rails:
# to use this:
# screen -c $HOME/.screenrc.ror
# read normal .screenrc
source $HOME/.screenrc
screen -t shell
screen -t shell2
screen -t console
screen -t mongrel
screen -t log tail -f -n200 log/development_vm.log
screen -t mysql mysql -u www-rw -pwww-rw-pass
# start with main 'shell' window showing
select 0