O calibre pode converter PDF para txt, ou melhor ainda, o formato .mobi reflowable / redimensionável suportado pelo Kindle. É um ótimo software de código aberto para gerenciamento de e-books, que você pode querer instalar de qualquer maneira, depois de possuir um Kindle.
O AbiWord é um processador de texto de código aberto que pode importar PDF e salvá-lo como .txt (ou .html ou uma variedade de outros formatos de processador de texto).
Como você provavelmente sabe, a Amazon tem seu próprio serviço de conversão.
Posso pensar em algumas opções adicionais, mas elas dependem do seu sistema operacional.