Como posso parar o aviso que aparece no Notepad ++ se o arquivo é modificado de um programa ou aplicativo externo?
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Configurações -> Preferências -> MISC. aba
Na seção que diz, File Status Auto Detection
verifique se Enable
está desmarcada
Configurações → Preferências → Misc. → Desmarque Ativar em Detecção automática de status do arquivo
Além disso, como o Jet apontou, você também pode ter a opção 'Atualizar silenciosamente' marcada se desejar atualizar o arquivo automaticamente.