Existe um Linux como Wubi que poderia ser instalado em uma partição de 360MB?
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Se não precisar de persistência - isto é, precisar que sua instalação do Linux seja consistente entre as inicializações, você provavelmente unetbootina para inicializar algo como slitaz ou tinycore - e usar ntfs-3g neles para manipular a partição do windows em questão
Existem muitos pequenos Linuxes, existe até uma versão que se encaixa em um disquete. DSL (Damn Small Linux) seria, na minha opinião, uma boa solução, é muito pequena e ainda tem muitos recursos, como um desktop completo e utilizável.
O que exatamente você está tentando realizar? se você precisar executar binários do linux em suas janelas, você pode usar o colinux (executa um kernel Linux no windows) ou o mingw (meio ambiente Linux-ish com todas as ferramentas do bin para windows)