eu segui este guia para instalar o bumblebee no Fedora 16 e fiz tudo no tutorial.
Bumblebee parece funcionar como optirun glxgears retorna taxas de quadros não vsynynced, mas o Gnome 3 está no modo de fallback. glxgears ou qualquer outro aplicativo 3D não será iniciado, então duvido que seja específico do Gnome.
O problema era que o servidor X tentava carregar o módulo NVIDIA GLX, e não o módulo da Intel GPU.
Tudo o que você precisa fazer é adicionar a seguinte seção ao seu xorg.conf:
Section "Module"
Load "/usr/lib64/xorg/modules/extensions/libglx.so"
EndSection
Após a reinicialização, o Gnome não será iniciado no modo de fallback e você poderá usar as duas GPUs.