Eu acho que você tem um caso de uso perfeitamente razoável aqui.
Eu usei arquivos offline com o XP, não o Win 7, mas achei que era absolutamente perigoso com arquivos perdidos e corrompidos e problemas de sincronização estranhos. Então, eu nunca recomendo o seu uso.
Para meu próprio uso, usei ferramentas de terceiros. Principalmente o SyncbackSE , que, embora não seja gratuito, é muito poderoso e totalmente confiável. Com uma ferramenta como essa, basta configurar uma sincronização entre a pasta das unidades USB e a pasta da unidade interna. A ferramenta monitora as alterações e as sincroniza automaticamente. O Syncback também pode manter várias versões automaticamente, para fazer muito mais do que arquivos offline. O Syncback também pode monitorar a presença de uma unidade específica e executar um trabalho quando ele aparecer.
Existem muitas outras ferramentas semelhantes que fazem trabalhos semelhantes. A única desvantagem é que você precisa configurar um perfil de sincronização sempre que alterar os projetos. No entanto, não é um trabalho grande e geralmente você pode clonar o trabalho anterior e alterar os nomes das pastas.
Se você gosta de sincronizar manualmente, o outro método que usei no passado é usar um pacote de controle de origem distribuído. Ou seja, Mercurial. O Mercurial é melhor integrado ao Windows do que o GIT e lida com arquivos binários grandes um pouco melhor. No entanto, com esse método, lembre-se de confirmar as alterações em que ponto, assumindo que você configurou as coisas corretamente, as alterações também podem ser sincronizadas automaticamente com a unidade externa.
Eu gostaria de propor uma alternativa possível.
Você também deve ter uma ferramenta de backup adequada que leve cópias protegidas de todos os arquivos de dados para um local diferente, onde não poderá excluí-los acidentalmente. O Syncback também pode fazer esse trabalho, embora pessoalmente, eu uso o CrashPlan com armazenamento local e na nuvem. Nesse caso, você realmente não precisa de uma cópia dos arquivos do projeto.
Por isso, eu recomendo usar algo como o Crashplan para cuidar dos backups seguros e manter o arquivo do projeto na unidade externa com um link na pasta "Meus Documentos" (ou onde for mais conveniente). Muitas pessoas esquecem que o formato HTFS do Windows suporta links e junções. Eu uso o Link Shell Extension para ajudar na configuração. Essa é a configuração que eu uso no meu laptop, onde tenho um número de pastas arquivadas enviadas para a unidade externa e links para essas pastas em Meus Documentos e outros locais convenientes.