Seguindo a resposta de Dan, o arquivo applicationhost.config está localizado em C: \ Windows \ System32 \ inetsrv \ config e as seções são detalhadas nele:
Localize a seguinte entrada (ou entrada semelhante) no arquivo applicationhost.config e comente ou exclua.
<application fullPath="C:\Program Files\iis express\PHP\v5.2\php-cgi.exe"
monitorChangesTo="php.ini" activityTimeout="600"
requestTimeout="600" instanceMaxRequests="10000">
<environmentVariables>
<environmentVariable name="PHP_FCGI_MAX_REQUESTS"
value="10000" />
<environmentVariable name="PHPRC"
value="C:\Program Files\iis express\PHP\v5.2"/>
</environmentVariables>
</application>
Encontre a seguinte entrada na seção hanlders e comente-a também ou exclua.
<add name="PHP52_via_FastCGI"
path="*.php"
verb="GET,HEAD,POST"
modules="FastCgiModule"
scriptProcessor="C:\Program Files (x86)\iis express\PHP\v5.2\php-cgi.exe"
resourceType="Either" />
Este é simplesmente o arquivo de configuração localizado atrás do console do Gerenciador do IIS; o mesmo resultado pode ser alcançado abrindo o Console do Gerenciador do IIS e, em seguida, abrindo as configurações do FastCGI e excluindo a referência ao PHP 5.3 e, em seguida, abrindo a seção de mapeamento do manipulador e removendo o mapeamento para PHP 5.3.
C:\Windows\System32\inetsrv\config
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